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NBDC ヒトデータベース

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研究 ID

hum0197-v15リリース情報

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最新バージョン (v31)

研究題目

多層的オミクス解析による疾患病態の解明

研究概要

目的
多層的オミクス解析による疾患病態の解明、日本人集団におけるGWASおよび複数集団におけるGWASメタ解析、COVID-19重症化メカニズムの解明
研究方法
メタゲノムシークエンス、ゲノムワイド関連解析、small RNA-seq解析、eQTL解析
対象
日本人集団（95＋103＋227＋30＋136 名）の腸内細菌叢のメタゲノムシークエンスデータ
肺胞蛋白症患者：198名、対照者：395名のゲノムワイド関連解析データ
バイオバンク・ジャパン（179,000名）、UKバイオバンク（361,000名）、FinnGen（136,000名）の220形質のゲノムワイド関連解析データ
日本人集団141名のsmall RNA-seq解析により定量した個人毎のmiRNAリードカウントデータと、全ゲノムシーケンス解析データと合わせて解析したeQTL解析データ
炎症性腸疾患症例（潰瘍性大腸炎35症例、クローン病39症例）、対照健常者40名のメタゲノムシークエンスデータ
頭蓋内胚細胞腫瘍患者：133名、対照者：762名のゲノムワイド関連解析データ
バイオバンク・ジャパン（161,801名）、UKバイオバンク（377,583名）の9形質のゲノムワイド関連解析データ
日本人集団におけるCOVID-19患者30＋43症例と健常者31＋44名の末梢血単核細胞（PBMC）から抽出したRNAを用いたscRNA-seqデータ
微生物ゲノムのMetagenome-Assembled Genome（MAG）・ウイルスのゲノム配列・CRISPR spacer配列
日本人88名および健常人73名のショットガンシークエンスデータ、ならびに、日本人5名の高深度ショットガンシークエンスデータ
URL
N/A

データセット

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カートデータセット IDデータの種類解析手法アクセス制限公開日
JGAD000290メタゲノム
  • Metagenomics
制限公開（Type I）2020-09-28
JGAD000363メタゲノム
  • Metagenomics
制限公開（Type I）2020-11-27
JGAD000427メタゲノム
  • Metagenomics
制限公開（Type I）2021-07-31
JGAD000532メタゲノム
  • Metagenomics
制限公開（Type I）2021-12-10
JGAD000649メタゲノム
  • Metagenomics
制限公開（Type I）2022-05-20
JGAD000650メタゲノム
  • Metagenomics
制限公開（Type I）2022-05-20
NHA000154肺胞蛋白症のGWAS
  • genome wide SNPs
非制限公開2020-11-27
NHA000162215形質のGWAS
  • genome wide SNPs
非制限公開2021-03-22
NHA00016410形質のGWAS
  • genome wide SNPs
非制限公開2021-12-21
NHA00016379形質のFine-mapping
  • genome wide SNPs
非制限公開2021-12-21
JGAD000621miRNAリードカウント
  • miRNA-seq
制限公開（Type I）2022-02-21
NHA000166eQTL解析データ
  • eQTL
非制限公開2022-02-08
NHA000171頭蓋内胚細胞腫瘍のGWAS
  • genome wide SNPs
非制限公開2022-06-10
NHA0001739形質のGWAS
  • genome wide SNPs
非制限公開2022-06-16
JGAD000662scRNA-seqデータ
  • scRNA-seq
制限公開（Type I）2022-07-19
JGAD000722scRNA-seqデータ、臨床情報
  • scRNA-seq
制限公開（Type I）2023-02-14
DRA014186微生物ゲノムのMAG・ウイルスのゲノム配列・CRISPR spacer配列
  • Metagenomics
  • NGS (WGS)
非制限公開2022-06-06
DRA014188微生物ゲノムのMAG・ウイルスのゲノム配列・CRISPR spacer配列
  • Metagenomics
非制限公開2022-06-06
DRA014191微生物ゲノムのMAG・ウイルスのゲノム配列・CRISPR spacer配列
  • Metagenomics
非制限公開2022-06-06
DRA014192微生物ゲノムのMAG・ウイルスのゲノム配列・CRISPR spacer配列
  • Metagenomics
非制限公開2022-06-06
DRA006684微生物ゲノムのMAG・ウイルスのゲノム配列・CRISPR spacer配列
  • Metagenomics
  • NGS (WGS)
非制限公開2019-02-01
DRA014184微生物ゲノムのMAG・ウイルスのゲノム配列・CRISPR spacer配列
  • Metagenomics
  • NGS (WGS)
非制限公開2022-06-06
NHA000178微生物ゲノムのMAG・ウイルスのゲノム配列・CRISPR spacer配列
  • Metagenomics
非制限公開2022-12-01
NHA000179微生物ゲノムのMAG・ウイルスのゲノム配列・CRISPR spacer配列
  • NGS (WGS)
非制限公開2022-12-01
NHA000177微生物ゲノムのMAG・ウイルスのゲノム配列・CRISPR spacer配列
  • NGS (WGS)
非制限公開2022-12-01
JGAD000729メタゲノム
  • Metagenomics
制限公開（Type I）2023-03-30

提供者

研究代表者
岡田 随象
所属機関
大阪大学大学院 医学系研究科 遺伝統計学

研究プロジェクト情報

研究プロジェクト情報はありません。

助成金情報

科研費・助成金名研究課題名研究課題番号
日本医療研究開発機構（AMED） 革新的先端研究開発支援事業 ソロタイプ（PRIME）
遺伝統計学が紐解く微生物叢・宿主・疾患・創薬のクロストーク
  • JP19gm6010001
日本医療研究開発機構（AMED） 革新的先端研究開発支援事業 ステップタイプ（FORCE）
メタゲノムワイド関連解析による疾患特異的微生物叢解明と個別化医療実装
  • JP20gm4010006
日本医療研究開発機構（AMED） 難治性疾患実用化研究事業
横断的オミクス解析を駆使した肺胞蛋白症の病態解明とインシリコ・リポジショニング創薬
  • JP20ek0109413
日本医療研究開発機構（AMED） 免疫アレルギー疾患実用化研究事業
疾患ゲノム情報を活用した自己免疫疾患における核酸ゲノム創薬の推進
  • JP19ek0410041
日本医療研究開発機構（AMED） 免疫アレルギー疾患実用化研究事業
免疫オミクス情報の横断的統合による関節リウマチのゲノム個別化医療の実現
  • JP21ek0410075
日本医療研究開発機構（AMED） ゲノム医療実現推進プラットフォーム事業
遺伝統計学に基づく日本人集団のゲノム個別化医療の実装
  • JP21km0405211
日本医療研究開発機構（AMED） ゲノム医療実現推進プラットフォーム事業
次世代ゲノミクス研究による乾癬の疾患病態解明・個別化医療・創薬
  • JP21km0405217
科学研究費助成事業 基盤研究（A）
横断的オミクス解析と全ゲノムシークエンスを駆使した疾患病態と組織特異性の解明
  • 19H01021

関連論文

タイトルDOIデータセット ID
Metagenome-wide association study of gut microbiome revealed novel aetiology of rheumatoid arthritis in the Japanese population.
https://doi.org/10.1136/annrheumdis-2019-215743 (新しいタブで開きます)
Genetic determinants of risk in autoimmune pulmonary alveolar proteinosis.
https://doi.org/10.1038/s41467-021-21011-y (新しいタブで開きます)
A metagenome-wide association study of gut microbiome in patients with multiple sclerosis revealed novel disease pathology.
https://doi.org/10.3389/fcimb.2020.585973 (新しいタブで開きます)
A global atlas of genetic associations of 220 deep phenotypes
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00931-x (新しいタブで開きます)
Metagenome-wide association study revealed disease-specific landscape of the gut microbiome of systemic lupus erythematosus in Japanese
https://doi.org/10.1136/annrheumdis-2021-220687 (新しいタブで開きます)
Whole gut virome analysis of 476 Japanese revealed a link between phage and autoimmune disease
https://doi.org/10.1136/annrheumdis-2021-221267 (新しいタブで開きます)
Insights from complex trait fine-mapping across diverse populations
https://doi.org/10.1101/2021.09.03.21262975 (新しいタブで開きます)
Genetic architecture of microRNA expression and its link to complex diseases in the Japanese population.
https://doi.org/10.1093/hmg/ddab361 (新しいタブで開きます)
Multi-trait and cross-population genome-wide association studies across autoimmune and allergic diseases identify shared and distinct genetic components.
https://doi.org/10.1136/annrheumdis-2022-222460 (新しいタブで開きます)
DOCK2 is involved in the host genetics and biology of severe COVID-19
https://doi.org/10.1038/s41586-022-05163-5 (新しいタブで開きます)
Prokaryotic and viral genomes recovered from 787 Japanese gut metagenomes revealed microbial features linked to diets, populations, and diseases
https://doi.org/10.1016/j.xgen.2022.100219 (新しいタブで開きます)
Reconstruction of the personal information from human genome reads in gut metagenome sequencing data
https://doi.org/10.1038/s41564-023-01381-3 (新しいタブで開きます)

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関国・州名研究題目データ利用期間データセット ID
Brito IlanaMeinig School of Biomedical Engineering, Cornell Universityアメリカ合衆国 (ニューヨーク州)Comparative metagenomics of lupus patients' microbiomes2022-05-12 – 2025-01-08
Yongxin LIThe department of Chemistry, The University of Hong Kong中国Comparison of gut bacterial diversity and composition in MS/EAE2022-09-26 – 2025-06-09
浜田 道昭浜田研究室, 理工学術院, 早稲田大学日本RNA標的創薬データベースの構築2023-01-05 – 2027-10-31
Tina FuchsInstitute for Clinical Chemistry, Medical Faculty Mannheim, Heidelberg UniversityドイツInvestigating the clonality of VIREM cells in COVID-19 patients2024-02-26 – 2025-04-14
松田 浩一クリニカルシークエンス分野, 東京大学日本疾患コホート研究ネットワークによる疾患マーカー探索研究2024-06-17 – 2029-03-31
桐田 雄平腎臓内科, 京都府立医科大学日本IgA腎症と免疫関連疾患の末梢血遺伝子発現比較解析による病態解明2025-07-29 – 2030-03-31