データセット ID
NHA000166
- データの種類
- eQTL解析データ
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 1.1 MB
- ファイル形式
- XLSX
- ZIP
- 研究
- hum0197
- 公開日
- 2022-02-08
- 更新日
- 2022-02-08
- Secondary ID
- hum0197.v6.eqtl.v1
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| hum0197.v6.eqtl.v1.zip | 1.1 MB | ||
| hum0197_ | Dictionary file | 10.9 KB |
解析手法
eQTL
- 材料と対象者
- 日本人集団：141名
- 対象者数141 (人数)
- 対象集団日本人
- 実験方法
- eQTL
- 試薬キット
- TruSeq DNA PCR-Free Library Prep Kit
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
Illumina HiSeq X - 参照ゲノム
- GRCh37
- QC・フィルタリング
- リードカウントについてはJGAS000504を参照のこと
全ゲノムシーケンスデータはGenotype call rate <90%, ExcessHet > 60, Hardy-Weinberg平衡検定P値<1.0×10−10のバリアントを除外した上で、Beagle v5.1によるgenotype imputationを実施した。 - 解析方法
- リードカウントについてはJGAS000504を参照のこと
全ゲノムシーケンスデータはBWA-MEM v0.7.13を用いGRCh37にアラインメントし、GATK v3.8-0を用いbest practiceに準じて解析した。
We analyzed the association between genetic variants with minor allele frequency (MAF) ≥ 0.01 within a cis-window around each miRNA (±1 Mb of the mature miRNA) and normalized expression values using MatrixEQTL v2.3. - バリアント数
- 全ゲノムシーケンスデータ: 12,171,854 variants
- 加工データの種類
- eQTL 要約統計量