2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
NBDC ヒトデータベース申請業務ならびにJGA関係の業務につきまして、以下の期間休業いたします：2026年8月12日(水) 〜 2026年8月17日(月) 休業期間中にいただいた申請やお問い合わせ等は、休業明けの 8月18日(火) より順次対応させていただきます。 上記休業期間の前後は通常より対応が遅れることがあります。予めご了承ください。 ご迷惑をおかけいたしますが、ご理解とご協力をお願いいたします。
- 公開日
- 2022-02-21
- 更新日
- 2026-07-31
- 研究
- hum0197
- データの種類
- miRNAリードカウント
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- JGA Study
- JGAS000504
解析手法
miRNA-seq
- 材料と対象者
日本人集団: 141名
- 実験方法
small RNA-seq
- プラットフォーム
Illumina [HiSeq 2500]
- 試料説明
末梢血単核細胞から抽出したRNA
- ライブラリ構築
SMARTer smRNA-Seq Kit
- リードタイプ
Single-end
- リード長
100 bp
- 解析方法
featureCounts + miRbase v22
- フィルタリング
We performed adapter trimming using Cutadapt v1.8 and removed reads with a low quality score (Phred quality score < 20 in >20% of total bases) using fastp v0.20.0. Also, we removed reads with a length of >29 bp or <15 bp, which are not expected to be mature miRNAs. Mature miRNAs detected with ≥1 read in at least half of the individuals were included in the dataset.
- マッピング
bowtie (GRCh37)
- miRNA数
343
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
54.7 KB (txt)
- 利用ポリシー