データセット ID
JGAD000621
- データの種類
- miRNAリードカウント
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 54.7 KB
- ファイル形式
- TSV
- 研究
- hum0197
- 公開日
- 2022-02-21
- 更新日
- 2022-02-21
- DDBJ Search
- JGAD000621 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000504 (新しいタブで開きます)
解析手法
miRNA-seq
- 材料と対象者
- 日本人集団：141名
- 対象者数141 (人数)
- 対象集団日本人
- 試料説明
- 末梢血単核細胞から抽出したRNA
- 組織末梢血単核球 (PBMC)、末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Small RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SMARTer smRNA-Seq Kit for Illumina
- 断片化
- N/A
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- シングルエンド
- リード長
- 100 bp
- 参照ゲノム
- GRCh37
- マッピング
- bowtie（GRCh37）
- QC・フィルタリング
- We performed adapter trimming using Cutadapt v1.8 and removed reads with a low quality score (Phred quality score < 20 in >20% of total bases) using fastp v0.20.0. Also, we removed reads with a length of >29 bp or <15 bp, which are not expected to be mature miRNAs. Mature miRNAs detected with ≥1 read in at least half of the individuals were included in the dataset.
- 解析方法
- featureCounts + miRbase v22
- 遺伝子数
- 343
- 加工データの種類
- miRNA expression count