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2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします

データセット ID

DRA006684

データの種類: 微生物ゲノムのMAG・ウイルスのゲノム配列・CRISPR spacer配列
アクセス制限: 非制限公開
総データ量: 334 GB
ファイル形式: FASTQ
研究: hum0197
公開日: 2019-02-01
更新日: 2019-02-02
DDBJ Search: DRA006684 (新しいタブで開きます)

解析手法

Metagenomics

材料と対象者: 日本人腸内微生物ゲノム
公開データ (DRA006684) より取得; 対象集団
日本人
試料説明: DRA006684より取得した配列; 組織
腸内細菌叢
実験方法: Metagenomics
プラットフォーム: Illumina HiSeq 2500
Illumina HiSeq 3000
Illumina NovaSeq 6000
解析方法: metaspades,dastools(metabat2、maxbin2、concoct)によるde novo assembly + binning
加工データの種類: メタゲノムから再構成したゲノム (MAG)
利用ポリシー: NBDC データ共有ポリシー (JGAP000001)

NGS (WGS)

材料と対象者: 日本人腸内微生物ゲノム
公開データ (DRA006684) より取得; 対象集団
日本人
試料説明: DRA006684より取得した配列; 組織
腸内細菌叢
試料の入手元: N/A
実験方法: WGS
測定対象: N/A
プラットフォーム: Illumina HiSeq 2500
Illumina HiSeq 3000
Illumina NovaSeq 6000
解析方法: metaspadesによるde novo assemblyの後に、virfinder及びvirsorterによってウイルスゲノムを検出。
INSDC配列 Accession: EMNW01000001-EMNW01002579
利用ポリシー: NBDC データ共有ポリシー (JGAP000001)

NGS (WGS)

材料と対象者: 日本人腸内微生物ゲノム
公開データ (DRA006684) より取得; 対象集団
日本人
試料説明: DRA006684より取得した配列; 組織
腸内細菌叢
実験方法: Metagenomics
プラットフォーム: Illumina HiSeq 2500
Illumina HiSeq 3000
Illumina NovaSeq 6000
解析方法: MAG配列に対してMINCEDを適用。
利用ポリシー: NBDC データ共有ポリシー (JGAP000001)