2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
NBDC ヒトデータベース申請業務ならびにJGA関係の業務につきまして、以下の期間休業いたします：2026年8月12日(水) 〜 2026年8月17日(月) 休業期間中にいただいた申請やお問い合わせ等は、休業明けの 8月18日(火) より順次対応させていただきます。 上記休業期間の前後は通常より対応が遅れることがあります。予めご了承ください。 ご迷惑をおかけいたしますが、ご理解とご協力をお願いいたします。
- 公開日
- 2020-11-27
- 更新日
- 2026-07-31
- 研究
- hum0197
- データの種類
- メタゲノム
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- JGA Study
- JGAS000260
解析手法
Metagenomics
- 材料と対象者
日本人集団: 95＋103＋227＋30＋136 名 炎症性腸疾患症例 潰瘍性大腸炎 (ICD10: K519) : 35症例 クローン病 (ICD10: K509) : 39症例 対照健常者: 40名
- 実験方法
メタゲノム
- プラットフォーム
Illumina [HiSeq 3000、NovaSeq 6000]
- 試料説明
便より抽出したDNA
- ライブラリ構築
KAPA Hyper Prep Kit
- 断片化
超音波断片化 (Covaris)
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
150 bp
- JGAデータセットAccession
JGAD000363(日本人集団: 103名)
- 総データ量
JGAD000290: 477 GB (fastq) JGAD000363: 408 GB (fastq) JGAD000427: 881.2 GB (fastq) JGAD000532: 106.7 GB (fastq) JGAD000649: 374.6 GB (fastq) JGAD000650: 541.4 GB (fastq)
- 利用ポリシー
Metagenomics
- 材料と対象者
日本人腸内微生物ゲノム JGAS000205/JGAS000260/JGAS000316/JGAS000415/JGAS000530/JGAS000531、公開データ (DRA006684) より取得
- 実験方法
メタゲノム
- プラットフォーム
Illumina [HiSeq 2500/3000、NovaSeq 6000]
- 試料説明
- MAG構築
metaspades,dastools (metabat2、maxbin2、concoct) によるde novo assembly + binning
- Sequence Read Archive Accession
JGA MAG: 20220531NSUB000031HIGH_JGA_JMAG_GENOME_*.acclist (JGAS000205/JGAS000260/JGAS000316/JGAS000415/JGAS000530/JGAS000531) DRA014186(JGAS000205/JGAS000260/JGAS000316/JGAS000415/JGAS000530/JGAS000531) DRA014188(JGAS000205/JGAS000260/JGAS000316/JGAS000415/JGAS000530/JGAS000531) DRA014191(JGAS000205/JGAS000260/JGAS000316/JGAS000415/JGAS000530/JGAS000531) DRA014192(JGAS000205/JGAS000260/JGAS000316/JGAS000415/JGAS000530/JGAS000531) TPA MAG: EMNX01000001-EMNX01000025、EMNY01000001-EMNY01000068、EMNZ01000001-EMNZ01000149、EMOA01000001-EMOA01000067 (DRA006684) DRA014184(DRA006684)
- 総データ量
JGA MAG: 153 GB (fasta) DRA014186: 11.5 GB (fasta) DRA014188: 11.9 GB (fasta) DRA014191: 12.2 GB (fasta) DRA014192: 5.75 GB (fasta) TPA MAG: 11.9 MB (fasta) DRA014184: 3.65 GB (fasta)
- 利用ポリシー
NGS (WGS)
- 材料と対象者
日本人腸内微生物ゲノム JGAS000205/JGAS000260/JGAS000316/JGAS000415/JGAS000530/JGAS000531、公開データ (DRA006684) より取得
- 実験方法
NGS (WGS)
- プラットフォーム
Illumina [HiSeq 2500/3000、NovaSeq 6000]
- 試料説明
- ウイルスゲノム構築
metaspadesによるde novo assemblyの後に、virfinder及びvirsorterによってウイルスゲノムを検出。
- Sequence Read Archive Accession
JGAS000205/JGAS000260/JGAS000316/JGAS000415/JGAS000530/JGAS000531: BRDB01000001-BRDB01028816 DRA006684: EMNW01000001-EMNW01002579
- 総データ量
JGAS000205/JGAS000260/JGAS000316/JGAS000415/JGAS000530/JGAS000531: 1.09 GB (fasta) DRA006684: 98.3 MB (fasta)
- 利用ポリシー
NGS (WGS)
- 材料と対象者
日本人腸内微生物ゲノム JGAS000205/JGAS000260/JGAS000316/JGAS000415/JGAS000530/JGAS000531、公開データ (DRA006684) より取得
- 実験方法
メタゲノム
- プラットフォーム
Illumina [HiSeq 2500/3000、NovaSeq 6000]
- 試料説明
- CRISPR構築
MAG配列に対してMINCEDを適用。
- Sequence Read Archive Accession
- 総データ量
DRA014184: 17.9 MB (fasta) DRA014186: 1.43 MB (fasta)
- 利用ポリシー