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NBDC ヒトデータベース

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研究 ID

hum0214-v4リリース情報

このページは過去のバージョン (v4) です。最新のバージョンは v10 です。
最新バージョン (v10)

研究題目

ヒト免疫系の機能ゲノム学による統合的理解とこれを用いた免疫疾患の発症予防のためのインターベンション戦略の構築

研究概要

目的
免疫細胞における遺伝子発現制御と免疫疾患に対する寄与を解明する
研究方法
JGAS000220：全身性強皮症21症例、antineutrophil cytoplasmic antibody（ANCA）関連血管炎26症例、対照健常者28名の末梢血免疫細胞画分を分取し各画分から抽出したtotal RNAを用いたRNA-seqを実施した。
E-GEAD-397 / E-GEAD-398 / E-GEAD-420：全身性エリテマトーデス、筋炎、全身性強皮症、混合性結合組織病、シェーグレン症候群、関節リウマチ、ベーチェット病、成人スチル病、ANCA関連血管炎、高安動脈炎、対照健常者の全血及び末梢血免疫細胞28画分を分取し、全血より全ゲノムシーケンス、各画分サンプルを用いてRNA-seqを実施した。サンプルのフィルタリングと遺伝子発現量の標準化の上で、各免疫細胞画分でeQTL解析を実施した。
JGAS000296：全身性強皮症50症例、対照健常者48名の末梢血免疫細胞24画分を分取し、各画分サンプルを用いてRNA-seqを実施した。遺伝子発現量を定量し、サンプルのフィルタリングした。
対象
全身性強皮症、全身性エリテマトーデス、筋炎、混合性結合組織病、シェーグレン症候群、関節リウマチ、ベーチェット病、成人スチル病、ANCA関連血管炎、高安動脈炎、対照健常者
URL

データセット

データセットの一覧はこのバージョンのものですが、各データセットの内容は現在のものを表示しています。

カートデータセット IDデータの種類解析手法アクセス制限公開日
JGAD000309NGS（RNA-seq：全身性強皮症）
  • RNA-seq
制限公開（Type I）2021-03-09
JGAD000310NGS（RNA-seq：全身性強皮症）
  • RNA-seq
制限公開（Type I）2021-03-09
E-GEAD-397RNA-seqのリードカウント
  • RNA-seq
非制限公開2021-04-30
E-GEAD-398Conditional eQTLサマリーデータ（有意データのみ）
  • Single-cell eQTL (scRNA-seq + WGS)
非制限公開2021-04-30
E-GEAD-420Nominal eQTLデータ（全データ）
  • Single-cell eQTL (scRNA-seq + WGS)
非制限公開2021-06-09
JGAD000406NGS（RNA-seq）
  • RNA-seq
制限公開（Type I）2022-01-19

提供者

研究代表者
藤尾 圭志
所属機関
東京大学大学院 医学系研究科 アレルギー・リウマチ学

研究プロジェクト情報

研究プロジェクト名URL
免疫疾患の免疫細胞マルチオミクス解析

助成金情報

科研費・助成金名研究課題名研究課題番号
中外製薬株式会社との共同研究費
N/A
N/A

関連論文

タイトルDOIデータセット ID
Integrated bulk and single-cell RNA-sequencing identified disease-relevant monocytes and a gene network module underlying systemic sclerosis
https://doi.org/10.1016/j.jaut.2020.102547 (新しいタブで開きます)
Identifying the most influential gene expression profile in distinguishing ANCA-associated vasculitis from healthy controls
https://doi.org/10.1016/j.jaut.2021.102617 (新しいタブで開きます)
Dynamic landscape of immune cell-specific gene regulation in immune-mediated diseases
https://doi.org/10.1016/j.cell.2021.03.056 (新しいタブで開きます)
Dysregulation of the gene signature of effector regulatory T cells in the early phase of systemic sclerosis
https://doi.org/10.1093/rheumatology/keac031 (新しいタブで開きます)

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関国・州名研究題目データ利用期間データセット ID
浜田 道昭浜田研究室, 理工学術院, 早稲田大学日本RNA標的創薬データベースの構築2023-01-05 – 2027-10-31
Ana Rita GrossoComputational Multi-Omics Lab, Department of Life Sciences, Universidade Nova de Lisboa - NOVA School of Science and TechnologyポルトガルAssessing transcriptional dyregulation of repetitive elements and monoallelic-expressed genes in lupus2023-04-25 – 2026-04-10
jiucun wangjiu-cunwang lab , jiu-cun wang , department of anthropology and human genetics, department of anthropology and human genetics of fudan university中国The role and mechanism study of glycosyltransferase-B3GNT2 in regulating macrophages of Ankylosing Spondylitis2023-03-08 – 2024-03-01
Jacob JaffeData Science, Odyssey Therapeuticsアメリカ合衆国 (マサチューセッツ州)Investigation of immune cell transition states in autoimmune disease2023-04-06 – 2023-11-02
武田 吉人大学院医学系研究科　呼吸器免疫内科学, 大阪大学日本呼吸器系・免疫疾患における細胞外小胞に着目した病態解明および診断法の開発2023-04-12 – 2025-01-17
Yong-Fei WANGWarshel Institue for Computational Biology, School of Medicine, The Chinese University of Hong Kong, Shenzhen中国Investigating the Molecular Mechanisms of Systemic Lupus Erythematosus Using Functional Genomics Data2023-06-21 – 2025-05-28
久保田 晋平遺伝子病制御研究所, 北海道大学日本関節リウマチおよび全身性エリテマトーデスにおける遺伝子発現および炎症増幅回路活性化因子の解析2024-02-26 – 2026-03-31
ヴィセ ティモシーキングス・カレッジ・ロンドン, 分子遺伝学と医学遺伝学イギリス全身性狼瘡のシーケンスに基づく遺伝子解析2023-08-25 – 2025-10-16
鈴木 宏尚新薬創生センター　薬理部, 科研製薬株式会社日本SLE患者検体の遺伝子発現データを用いたバイオインフォマティクス解析 2024-05-09 – 2025-04-17
Hui LiDepartment of Pathology, University of Virginiaアメリカ合衆国Gene fusions and RNA Trans-splicing in normal and neoplastic human cells2025-06-25 – 2026-12-31
藩 龍馬大学院医学研究科・免疫学教室, 横浜市立大学日本免疫系転写因子群に着目した自己免疫疾患の病態解明と治療法開発2024-11-12 – 2027-03-31
Pranidhi SoodWield Therapeutics, Incアメリカ合衆国 (カリフォルニア州)Identifying Gene Expression Based Biomarkers in Patients with Autoimmune Diseases to Predict Response to New Therapies Developed by Wield Therapeutics2025-06-25 – 2027-04-23
松本 功膠原病リウマチアレルギー内科学, 筑波大学医学医療系日本関節リウマチおよび関節炎モデルマウスにおけるCD4+T細胞の老化にともなう機能変化解析2025-12-05 – 2029-03-31
板倉 英祐大学院・理学研究院, 千葉大学日本ImmuNexUTによるSLE症状と遺伝子発現多様性解析2025-10-27 – 2026-04-02