データセット ID
JGAD000602
- データの種類
- RNA-seqによるB細胞免疫細胞サブセットのB細胞受容体レパトアデータ
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 12.5 GB
- ファイル形式
- TXT
- 研究
- hum0214
- 公開日
- 2023-07-10
- 更新日
- 2023-07-10
- DDBJ Search
- JGAD000602 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000485 (新しいタブで開きます)
解析手法
RNA-seq + BCR-seq
- 材料と対象者
- 全身性エリテマトーデス（ICD10：M329）：136症例（159検体、23検体は経時サンプル）
全身性強皮症（ICD10：M340）：90症例（90検体）
筋炎（ICD10：M339、M332）：85症例（85検体）
混合性結合組織病（ICD10：M351）：21症例（21検体）
シェーグレン症候群（ICD10：M350）：18症例（18検体）
関節リウマチ（ICD10：M0690）：27症例（27検体）
ベーチェット病（ICD10：M352）：23症例（23検体）
成人スチル病（ICD10：M0610）：18症例（18検体）
ANCA関連血管炎（ICD10：M318）：24症例（24検体）
高安動脈炎（ICD10：M314）：16症例（16検体）
対照健常者：13名（13検体） - 健康状態健常
- 疾患
- 全身性エリテマトーデス
- 全身性強皮症
- 筋炎
- 混合性結合組織病
- シェーグレン症候群
- 関節リウマチ
- ベーチェット病
- 成人スチル病
- ANCA関連血管炎
- 高安動脈炎
- 試料説明
- 末梢血B細胞5画分（Naive_B, USM_B, SM_B, DN_B, Plasmablast）より抽出したtotal RNA
- 組織B 細胞、末梢血
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- BCR-seq
RNA-seq - 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit
- 断片化
- SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp
- マッピング
- MiXCR
- QC・フィルタリング
- アダプター配列及び3'の低クオリティー塩基をトリムした（Phred quality score < 20）。50塩基未満のリード、及び低クオリティーの塩基を多く含むリード（20%を超える塩基で、Phred quality score < 20）を除去した。 ユニークなCDR-H3配列を 500より多く有するサンプルのみ解析に使用した。
- 解析方法
- MiXCR
- 加工データの種類
- B cell receptor repertoire clonotype data