Single-cell eQTL (scRNA-seq + WGS)

材料と対象者

全身性エリテマトーデス(ICD10: M329): 62症例 筋炎(ICD10: M339、M332): 65症例 全身性強皮症(ICD10: M340): 67症例 混合性結合組織病(ICD10: M351): 19症例 シェーグレン症候群(ICD10: M350): 18症例 関節リウマチ(ICD10: M0690): 24症例 ベーチェット病(ICD10: M352): 23症例 成人スチル病(ICD10: M0610): 18症例 ANCA関連血管炎(ICD10: M318): 25症例 高安動脈炎(ICD10: M314): 16症例 対照健常者: 79名

実験方法

eQTL

プラットフォーム

Illumina [HiSeq X Ten]

試料説明

全血より抽出したDNA

ライブラリ構築

TruSeq DNA PCR-Free Library prep kit

断片化

TruSeq DNA PCR-Free Library prep kit

リードタイプ

Paired-end

リード長

151 bp

解析方法

各細胞サブセットで80%を超えるサンプルで5リード未満、もしくは0.5 CPM未満の低発現遺伝子を除外した。常染色体遺伝子発現データのTMMノーマライゼーション、CPM変換、inverse normal transformによるサンプル間ノーマライゼーションを実施した。また隠れた共変量の推測のためPEERを実施した。eQTL解析の共変量として、上位2つの遺伝子主成分、サンプル回収のphase、性別、PEERによる潜在的因子を含めた。Phase 1で回収したMem CD8はPhase 2ではCM CD8とEM CD8として分割しているため、大部分の細胞の含まれるEM CD8と統合してeQTL解析を実施した。各細胞サブセットでのConditional eQTL解析では、QTLtoolsのpermutation passによる10000回のパーミュテーションを実施し、各遺伝子レベルでのFDR <0.05と対応するnominal p-value thresholdを定めた。その上で、QTL toolsのconditional passを用いてforward-backward stepwise regression eQTL analysisを実施した。Nominal eQTL解析では QTL toolsのnominal passを用いて、各遺伝子の転写開始点から1M塩基対のバリアントと遺伝子発現の関連を解析した。

フィルタリング

全ゲノムシーケンスデータはGATK(v 4.0.6.0)best practiceに準じて解析した。検出バリアント率が99%未満のサンプルは除外した。遺伝型のインピュテーションにはBEAGLE(v 5.1)を用いた。Call rate <85%, Hardy-Weinberg平衡検定P値<1.0x10-6, マイナーアレル頻度1%未満のバリアントは除外した。

マッピング

BWA-MEM(GRCh38)

遺伝子数

E-GEAD-398: 19441 E-GEAD-420: 22381

Genomic Expression Archive Accession

E-GEAD-398 E-GEAD-420(2021/6/9: Added columns for REF/ALT allele. Slope indicates the effect size of alternative alleles.)

総データ量

E-GEAD-398: 3.9 GB(eQTLサマリーデータ [FDR<0.05]、txt) E-GEAD-420: 38 GB(全eQTLサマリーデータ、txt)

利用ポリシー

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