2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
NBDC ヒトデータベース申請業務ならびにJGA関係の業務につきまして、以下の期間休業いたします：2026年8月12日(水) 〜 2026年8月17日(月) 休業期間中にいただいた申請やお問い合わせ等は、休業明けの 8月18日(火) より順次対応させていただきます。 上記休業期間の前後は通常より対応が遅れることがあります。予めご了承ください。 ご迷惑をおかけいたしますが、ご理解とご協力をお願いいたします。
- 公開日
- 2021-04-28
- 更新日
- 2024-02-08
- 研究
- hum0214
- データの種類
- RNA-seqのリードカウント
- アクセス制限
- 非制限公開
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
全身性エリテマトーデス(ICD10: M329): 62症例 筋炎(ICD10: M339、M332): 65症例 全身性強皮症(ICD10: M340): 67症例 混合性結合組織病(ICD10: M351): 19症例 シェーグレン症候群(ICD10: M350): 18症例 関節リウマチ(ICD10: M0690): 25症例 ベーチェット病(ICD10: M352): 23症例 成人スチル病(ICD10: M0610): 18症例 ANCA関連血管炎(ICD10: M318): 26症例 高安動脈炎(ICD10: M314): 16症例 対照健常者: 92名
- 実験方法
RNA-seq
- プラットフォーム
Illumina [HiSeq 2500]
- 試料説明
末梢血免疫細胞28画分(Naive_CD4, Mem_CD4, Fr._I_nTreg, Fr._II_eTreg, Fr._III_T, Th1, Th2, Th17, Tfh, NK, Naive_CD8, Mem_CD8, EM_CD8, CM_CD8, TEMRA_CD8, Naive_B, USM_B, SM_B, DN_B, Plasmablast, CL_Mono(別名CD16n_Mono), CD16p_Mono, Int_Mono, NC_Mono, mDC, pDC, LDG, Neu)より抽出したtotal RNA
- ライブラリ構築
SMART-seq v4 Ultra Low Input RNA Kit
- 断片化
SMART-seq v4 Ultra Low Input RNA Kit
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
100 bp
- フィルタリング
cutadapt (v1.16)およびfastx-toolkit(v0.0.14)を用いてアダプター配列及び3'の低クオリティー塩基をトリムした(Phred quality score < 20)。低クオリティーの塩基が20%を超えるリードを除去した。STAR(v2.5.3)のtwo-pass modeを用いてGRCh38へのマッピングを行った(Gencode version 27アノテーション)。ユニークマップ率が90%未満(Plasmablastでは70%未満、他のB細胞サブセットでは<85%未満)、もしくはユニークマップリード数が6.00 x 10^6未満のサンプルは除去した。遺伝子発現はHTSeq(v 0.11.2)で定量した。解析に不適切なサンプルの除外基準としては、各細胞分画で低発現遺伝子(90%を超えるサンプルで10リード未満)を除外し、edgeRのTMMノーマライゼーションを実施、ログcount per million(CPM)変換、ComBatによるバッチ除去を行った上で、同一サブセット内の遺伝子発現のSpearman相関係数を計算し、平均値が0.9未満のサンプルを除外した。
- マッピング
STAR(GRCh38)
- 遺伝子数
53344
- Genomic Expression Archive Accession
- 総データ量
1.3 GB(疾患名、phase情報、年齢、性別データおよび各遺伝子にマップされたリードのカウントデータ、txt)
- 利用ポリシー