データセット ID
E-GEAD-397
- データの種類
- RNA-seqのリードカウント
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 286 MB
- ファイル形式
- TXT
- TAR
- 研究
- hum0214
- 公開日
- 2021-04-30
- 更新日
- 2021-05-13
- DDBJ Search
- E-GEAD-397 (新しいタブで開きます)
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
- 全身性エリテマトーデス（ICD10：M329）：62症例
筋炎（ICD10：M339、M332）：65症例
全身性強皮症（ICD10：M340）：67症例
混合性結合組織病（ICD10：M351）：19症例
シェーグレン症候群（ICD10：M350）：18症例
関節リウマチ（ICD10：M0690）：25症例
ベーチェット病（ICD10：M352）：23症例
成人スチル病（ICD10：M0610）：18症例
ANCA関連血管炎（ICD10：M318）：26症例
高安動脈炎（ICD10：M314）：16症例
対照健常者：92名 - 健康状態混在
- 対象者数431 (人数)
- 疾患
- 全身性エリテマトーデス
- 筋炎
- 全身性強皮症
- 混合性結合組織病
- シェーグレン症候群
- 関節リウマチ
- ベーチェット病
- 成人スチル病
- ANCA関連血管炎
- 高安動脈炎
- 試料説明
- 末梢血免疫細胞28画分（Naive_CD4, Mem_CD4, Fr._I_nTreg, Fr._II_eTreg, Fr._III_T, Th1, Th2, Th17, Tfh, NK, Naive_CD8, Mem_CD8, EM_CD8, CM_CD8, TEMRA_CD8, Naive_B, USM_B, SM_B, DN_B, Plasmablast, CL_Mono（別名CD16n_Mono）, CD16p_Mono, Int_Mono, NC_Mono, mDC, pDC, LDG, Neu）より抽出したtotal RNA
- 組織Immune cell、末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit
- 断片化
- SMART-seq v4 Ultra Low Input RNA Kit
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- STAR（GRCh38）
- QC・フィルタリング
- cutadapt (v1.16)およびfastx-toolkit（v0.0.14）を用いてアダプター配列及び3'の低クオリティー塩基をトリムした（Phred quality score < 20）。低クオリティーの塩基が20%を超えるリードを除去した。STAR（v2.5.3）のtwo-pass modeを用いてGRCh38へのマッピングを行った（Gencode version 27アノテーション）。ユニークマップ率が90%未満（Plasmablastでは70%未満、他のB細胞サブセットでは<85%未満）、もしくはユニークマップリード数が6.00 x 10^6未満のサンプルは除去した。遺伝子発現はHTSeq（v 0.11.2）で定量した。解析に不適切なサンプルの除外基準としては、各細胞分画で低発現遺伝子（90%を超えるサンプルで10リード未満）を除外し、edgeRのTMMノーマライゼーションを実施、ログcount per million（CPM）変換、ComBatによるバッチ除去を行った上で、同一サブセット内の遺伝子発現のSpearman相関係数を計算し、平均値が0.9未満のサンプルを除外した。
- 遺伝子数
- 53,344
- 加工データの種類
- カウントデータ
- 表現型データの有無
- あり