データセット ID
JGAD000371
- データの種類
- NGS（RNA-seq：全身性強皮症）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 研究
- hum0214
- 公開日
- 2022-03-16
- 更新日
- 2022-03-16
- DDBJ Search
- JGAD000371 (新しいタブで開きます)
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
- 全身性エリテマトーデス（ICD10：M329）：107症例
対照健常者：92名 - 健康状態健常
- 対象者数199 (人数)
- 疾患
- 全身性エリテマトーデス
- 試料説明
- 末梢血免疫細胞19画分（Naive_CD4, Mem_CD4, Fr._II_eTreg, Th1, Th2, Th17, Tfh, NK, Naive_CD8, Mem_CD8, Naive_B, USM_B, SM_B, DN_B, Plasmablast, CD16n_Mono, CD16p_Mono, mDC, pDC）より抽出したtotal RNA
- 組織Immune cell、末梢血
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit
Smart-seq2 - 断片化
- Smart-Seq v2（test cohort）、SMART-seq v4 Ultra Low Input RNA Kit（validation cohort）
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 76 bp (テストコホート)
100 bp (検証コホート) - 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- STAR（GRCh38）
- QC・フィルタリング
- FASTQファイルはSTAR（v2.5）によってGRCh38; GenBank assembly GCA_000001405.18にマッピングした。カウントテーブルの作成にはHTSeq-count（v0.6.1）を用いた。fastx-toolkit（v0.0.14）を用いてアダプター配列及び3'の低クオリティー塩基をトリムした（Phred quality score < 20）。ミトコンドリア遺伝子発現は細胞ストレスを反映するため、ミトコンドリア遺伝子発現 <8%をカットオフに追加した。同一サブセット内の遺伝子発現の相関係数（r）を計算し、r2 < 0.8のサンプルは外れ値として除外した。
- 遺伝子数
- 26,354 (テストコホート)
26,485 (検証コホート)