データセット ID
JGAD000406
- データの種類
- NGS（RNA-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 173 MB
- ファイル形式
- TXT
- 研究
- hum0214
- 公開日
- 2022-01-19
- 更新日
- 2022-01-19
- DDBJ Search
- JGAD000406 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000296 (新しいタブで開きます)
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
- 全身性強皮症（ICD10：M340）：50症例
対照健常者：48名
（対象の一部はE-GEAD-397と重複） - 健康状態健常
- 対象者数98 (人数)
- 疾患
- 全身性強皮症
- 試料説明
- 末梢血免疫細胞24画分（Naive_CD4, Mem_CD4, Fr._I_nTreg, Fr._II_eTreg, Fr._III_T, Th1, Th2, Th17, Tfh, NK, Naive_CD8, EM_CD8, CM_CD8, TEMRA_CD8, Naive_B, USM_B, SM_B, DN_B, Plasmablast, CL_Mono, Int_Mono, NC_Mono, mDC, pDC）より抽出したtotal RNA
- 組織B 細胞、CD4 陽性 T 細胞、CD8 陽性 T 細胞、Dendritic cell、単球、NK 細胞、末梢血、T 細胞、Treg cell
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit
- 断片化
- SMART-seq v4 Ultra Low Input RNA Kit
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- STAR（hg38）
- QC・フィルタリング
- アダプター配列及び3'の低クオリティー塩基をトリムした（Phred quality score < 20）。50塩基未満のリード、及び低クオリティーの塩基を多く含むリード（20%を超える塩基で、Phred quality score < 20）を除去した。ユニークマップ率が80%未満、もしくはユニークマップリード数が5.00 x 10⁶未満のサンプルは除去した。同一サブセット内の遺伝子発現の相関係数（Di）を計算した。Diが0.9未満のサンプルは除去した。
- 遺伝子数
- 26,353
- 加工データの種類
- カウントデータ