2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
E-GEAD-344
- 公開日
- 2020-10-09
- 更新日
- 2020-10-09
- 研究
- hum0218
- データの種類
- NGS(scRNA-seq)
- アクセス制限
- 非制限公開
解析手法
scRNA-seq
- 材料と対象者
抗Sc1-70抗体陽性全身性強皮症(ICD10: M340): 3症例
- 実験方法
scRNA-seq
- プラットフォーム
Illumina [HiSeq]
- 試料説明
末梢血より単球を分取し、単細胞へ分離した上で抽出したmRNA
- ライブラリ構築
SMARTer ICELL8 Reagent 3' DE Reagent Kit Nextera XT DNA Library Prep Kit
- 断片化
Nextera XT DNA Library Prep Kit
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
Read1: 25 bp Read2: 100 bp
- フィルタリング
プライマー、ポリA,ポリT、 low-quality ends(phred quality score < 25)はCutadaptでトリムした。トリム後にリード長 < 20 塩基のリードを除去した。
- マッピング
STAR(GRCh38)
- 遺伝子数
26288
- Genomic Expression Archive Accession
- 総データ量
49.6 MB(各遺伝子にマップされたリードのカウントデータ、txt)
- 利用ポリシー