データセット ID
E-GEAD-344
- データの種類
- NGS（scRNA-seq）
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 1.5 MB
- ファイル形式
- TXT
- TSV
- 研究
- hum0218
- 公開日
- 2020-10-10
- 更新日
- 2020-10-10
- DDBJ Search
- E-GEAD-344 (新しいタブで開きます)
解析手法
scRNA-seq
- 材料と対象者
- 抗Sc1-70抗体陽性全身性強皮症（ICD10：M340）：3症例
- 健康状態罹患
- 対象者数3 (人数)
- 疾患
- 抗Sc1-70抗体陽性全身性強皮症
- 試料説明
- 末梢血より単球を分取し、単細胞へ分離した上で抽出したmRNA
- 組織単球、末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- scRNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Nextera XT DNA Library Prep Kit
SMARTer ICELL8 3' DE Reagent Kit - 断片化
- Nextera XT DNA Library Prep Kit
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- Read1: 25 bp
Read2: 100 bp - 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- STAR（GRCh38）
- QC・フィルタリング
- プライマー、ポリA,ポリT、 low-quality ends（phred quality score < 25）はCutadaptでトリムした。トリム後にリード長 < 20 塩基のリードを除去した。
- 遺伝子数
- 26,288