データセット ID
JGAD000309
- データの種類
- NGS（RNA-seq：全身性強皮症）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 研究
- hum0214
- 公開日
- 2021-03-09
- 更新日
- 2021-03-09
- DDBJ Search
- JGAD000309 (新しいタブで開きます)
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
- 全身性強皮症（ICD10：M340）：21症例
対照健常者：13名 - 健康状態健常
- 疾患
- 全身性強皮症
- 試料説明
- 末梢血免疫細胞19画分（Naive_B, SM_B, USM_B, DN_B, Plasmablast, Th1, Th2, Th17, Tfh, Naive_CD4, Mem_CD4, Fr._II_eTreg, Naive_CD8, Mem_CD8, mDC, pDC, CD16p_Mono, CD16n_Mono, NK）より抽出したtotal RNA
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit
- 断片化
- SMART-seq v4 Ultra Low Input RNA Kit
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- STAR（hg38）
- QC・フィルタリング
- アダプター配列及び3'の低クオリティー塩基をトリムした（Phred quality score < 20）。50塩基未満のリード、及び低クオリティーの塩基を多く含むリード（20%を超える塩基で、Phred quality score < 20）を除去した。ユニークマップ率が80%未満、もしくはユニークマップリード数が5.00 x 10⁶未満のサンプルは除去した。同一サブセット内の遺伝子発現の相関係数（Di）を計算した。Diが0.9未満のサンプルは除去した。
- 遺伝子数
- 26,353