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NBDC ヒトデータベース
NBDC Research ID:hum0201-v9
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研究題目

ヒト腫瘍試料の収集・分譲とゲノム情報を利用した研究 既存試料の分譲とゲノム情報を利用した研究 消化器慢性炎症性疾患における遺伝子変異の検索

研究概要

目的: 消化管上皮細胞の、正常組織・炎症組織 (消化器炎症性疾患) ・腫瘍組織のゲノム解析による形質上の相違の探索

研究方法: JGAS000199: 腸管上皮細胞の疾患組織 (腫瘍・炎症部位) および正常組織から樹立したオルガノイド、末梢血、および、疾患組織から抽出したDNAを用いたWhole Exome sequencing解析 JGAS000237: 腫瘍性疾患の腫瘍組織および非腫瘍組織より樹立したオルガノイドおよび末梢血から抽出したDNA、RNAを用いたWhole Genome sequencing解析、RNA sequencing解析 JGAS000256: 培養液のローテーションによる遺伝子発現変化の検出を目的とした、2D培養した正常十二指腸オルガノイドから抽出したRNAを用いたRNA sequencing解析 JGAS000378: 大腸腫瘍組織および非腫瘍組織由来のオルガノイドならびにBromodomain and extraterminal (BET) ブロモドメイン選択的阻害 ((+) -JQ1) を添加した大腸腫瘍組織および非腫瘍組織由来のオルガノイドを用いたRNA sequencing解析、ならびにChIP sequencing解析 JGAS000350: 大腸腫瘍由来のオルガノイドを用いたRNA sequencing解析 JGAS000550: 腫瘍性疾患を有する患者の正常大腸組織を用いたsingle cell RNA sequencing解析および正常大腸オルガノイドを用いたRNA sequencingとWhole Exome sequencing解析 JGAS000719: 膵がん組織周辺の正常膵管オルガノイドを対象とし、CRISPR-Cas9を用いてがん遺伝子を編集した遺伝子改変オルガノイド、および、膵がん腫瘍組織由来のオルガノイドから抽出したDNA、RNAを用いたWhole Exome sequencing解析、RNA sequencing解析、single cell RNA sequencing解析、ATAC sequencing解析、ならびにChIP sequencing解析 JGAS000881: 十二指腸腫瘍、正常十二指腸、正常回腸、正常大腸より樹立したオルガノイド、ならびに、正常回腸、正常大腸より樹立したオルガノイドに遺伝子改変を加えたオルガノイドから抽出したDNA、RNAを用いたWhole Exome sequencing解析、RNA sequencing解析

対象: JGAS000199: 潰瘍性大腸炎29症例、腫瘍を併発する潰瘍性大腸炎26症例、下部消化管内視鏡検査を受けた健常者16名 JGAS000237: 腫瘍性疾患23症例 JGAS000256: 腫瘍性疾患1症例1検体の正常十二指腸組織 JGAS000378: 腫瘍性疾患4症例の腫瘍組織4検体および非腫瘍組織 (正常大腸上皮) 1検体 JGAS000350: 腫瘍性疾患2症例11検体 (1症例から2検体、もう1症例から9検体) JGAS000550: 腫瘍性疾患3症例17検体の正常大腸組織 JGAS000719: 膵がん50症例 JGAS000881: 大腸がん3症例、十二指腸腺腫3症例、胃がん1症例、健常者1名

データセット一覧

データセット ID
アクセス制限
データの種類
公開日
JGAD000284制限公開（Type I）NGS(Exome)2020-09-28
JGAD000669制限公開（Type I）NGS(scRNA-seq、RNA-seq、Exome)2022-07-29
JGAD000852制限公開（Type I）NGS(Exome、RNA-seq、scRNA-seq、ATAC-seq、ChIP-seq)2024-08-30
JGAD000335制限公開（Type I）NGS(WGS、RNA-seq)2020-11-20
JGAD000336制限公開（Type I）NGS(WGS、RNA-seq)2020-11-20
JGAD000687制限公開（Type I）NGS(WGS、RNA-seq)2023-08-21
JGAD000891制限公開（Type I）NGS(WGS、RNA-seq)2024-10-17
JGAD000492制限公開（Type I）NGS(RNA-seq、ChIP-seq)2021-11-30
JGAD000359制限公開（Type I）NGS(RNA-seq)2020-11-20
JGAD000464制限公開（Type I）NGS(RNA-seq)2022-06-06
JGAD001024制限公開（Type I）NGS(Exome, RNA-seq)2026-04-22

提供者情報

    代表者
    佐藤 俊朗
    所属機関
    慶應義塾大学医学部 坂口光洋記念講座 (オルガノイド医学)

研究プロジェクト情報

研究プロジェクト名
URL
データなし

助成金情報

科研費・助成金名
タイトル
研究課題番号
日本医療研究開発機構 (AMED) 老化メカニズムの解明・制御プロジェクト消化器疾患発症制御を目指した加齢形質変化の理解
  • JP19gm5010002
日本医療研究開発機構 (AMED) 次世代がん医療創生研究事業 (P-CREATE)がん多階層フェノタイプの理解に基づいた先端的創薬システムの開発
  • JP19cm0106206
日本医療研究開発機構 革新的先端研究開発支援事業 (AMED-CREST)新しい4次元モデルシステムを用いた腸管線維化疾患の病態解明
  • JP19gm1210001
科学研究費助成事業 基盤研究 (S)オルガノドライブラリーの構築による消化器疾患形質の統合的理解
  • 17H06176
科学研究費助成事業 基盤研究 (B)小腸上皮オルガノイドにより創出した移植グラフトの機能解析
  • 20H03746
科学研究費助成事業 基盤研究 (S)ニッチ構築によるヒト消化器疾患の発症・進展のメカニズムを解き明かす
  • 22H04995

関連論文

タイトル
DOI
データセット
Somatic inflammatory gene mutations in human ulcerative colitis epitheliumhttps://doi.org/10.1038/s41586-019-1844-5
An Organoid Biobank of Neuroendocrine Neoplasms Enables Genotype-Phenotype Mappinghttps://doi.org/10.1016/j.cell.2020.10.023
An organoid-based organ repurposing approach to treat short bowel syndromehttps://doi.org/10.1038/s41586-021-03247-2
Organoid screening reveals epigenetic vulnerabilities in human colorectal cancerhttps://doi.org/10.1038/s41589-022-00984-x

制限公開データの利用者一覧

名前
所属機関
国
研究題目
データ利用期間
データセット一覧
Kaestner KlausObesity & Metabolism at Unversity of PennsylvaniaUSASomatic mutation analysis of the pancreas in type 1 diabetes2020-04-13—2021-09-08
有田正規National Institute of GeneticsJapanDDBJ センターと NBDC による JGA 解析データの提供2021-10-07—2030-03-31
浜田道昭Waseda UniversityJapanRNA標的創薬データベースの構築2023-01-05—2027-10-31
吉田健一National Cancer Center Research InstituteJapan固形腫瘍のゲノム解析に関する多施設共同研究2024-08-01—2028-03-31
田沼延公Miyagi Cancer CenterJapan患者由来オルガノイドを用いた、膵・消化管神経内分泌腫瘍の生物学的特性の解明2022-09-22—2024-11-25
Leser UlfHumboldt-Universitaet zu BerlinGermanyMAPTor-NET: MAPK-mTOR network model driven individualized therapies of pancreatic neuro-endocrine tumors (pNETs)2021-06-08—2023-06-05
山本拓也National Institutes of Biomedical Innovation, Health and NutritionJapan新規がん抗原の同定に基づく消化器がんおよび悪性黒色腫（メラノーマ）に対するワクチン開発基盤研究2024-11-12—2026-05-19