2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
- 公開日
- 2026-04-22
- 更新日
- 2026-04-22
- 研究
- hum0201
- データの種類
- NGS(Exome, RNA-seq)
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- JGA Study
- JGAS000881
解析手法
WES
- 材料と対象者
十二指腸腺腫(ICD10: D13.2): 3症例(6検体) (十二指腸腫瘍オルガノイド: 3症例3検体) (正常十二指腸オルガノイド: 3症例3検体)
- 実験方法
Exome
- プラットフォーム
Illumina [NovaSeq 6000]
- 試料説明
腫瘍組織、正常組織のオルガノイドから抽出したDNA
- ライブラリ構築
SureSelect Human All Exon V6
- 断片化
超音波断片化
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
150 bp
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
186.3 GB(fastq)
- 利用ポリシー
RNA-seq
- 材料と対象者
大腸がん(ICD10: C18): 3症例(22検体) (正常回腸オルガノイド: 2症例6検体) (正常回腸オルガノイドに遺伝子改変を加えたオルガノイド: 2症例12検体) (正常大腸オルガノイド: 1症例2検体) (正常大腸オルガノイドに遺伝子改変を加えたオルガノイド: 1症例2検体) 十二指腸腺腫(ICD10: D13.2): 3症例(12検体) (十二指腸腫瘍オルガノイド: 3症例6検体) (正常十二指腸オルガノイド: 3症例6検体) 胃がん(ICD10: C16): 1症例(4検体) (正常十二指腸オルガノイド: 1症例2検体) (正常十二指腸オルガノイドに遺伝子改変を加えたオルガノイド: 1症例2検体) 健常者: 1名(4検体) (正常十二指腸オルガノイド: 1症例2検体) (正常十二指腸オルガノイドに遺伝子改変を加えたオルガノイド: 1症例2検体)
- 実験方法
RNA-seq
- プラットフォーム
Illumina [NovaSeq 6000]
- 試料説明
腫瘍組織、正常組織のオルガノイドまたは遺伝子改変オルガノイドから抽出したRNA
- ライブラリ構築
TruSeq RNA Library Prep Kit v2
- 断片化
熱処理
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
150 bp
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
186.3 GB(fastq)
- 利用ポリシー