データセット ID
JGAD001024
- データの種類
- NGS（Exome、RNA-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 186 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0201
- 公開日
- 2026-04-22
- 更新日
- 2026-04-22
- DDBJ Search
- JGAD001024 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000881 (新しいタブで開きます)
解析手法
WES
- 材料と対象者
- 十二指腸腺腫（ICD10：D13.2）：3症例（6検体）
（十二指腸腫瘍オルガノイド：3症例3検体）
（正常十二指腸オルガノイド：3症例3検体） - 健康状態混在
- 対象者数6 (検体数)
- 疾患
- 十二指腸腺腫
- 試料説明
- 腫瘍組織、正常組織のオルガノイドから抽出したDNA
- 組織十二指腸、オルガノイド
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WES
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SureSelect Human All Exon V6
- 断片化
- 超音波断片化
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
RNA-seq
- 材料と対象者
- 大腸がん（ICD10：C18）：3症例（22検体）
（正常回腸オルガノイド：2症例6検体）
（正常回腸オルガノイドに遺伝子改変を加えたオルガノイド：2症例12検体）
（正常大腸オルガノイド：1症例2検体）
（正常大腸オルガノイドに遺伝子改変を加えたオルガノイド：1症例2検体）
十二指腸腺腫（ICD10：D13.2）：3症例（12検体）
（十二指腸腫瘍オルガノイド：3症例6検体）
（正常十二指腸オルガノイド：3症例6検体）
胃がん（ICD10：C16）：1症例（4検体）
（正常十二指腸オルガノイド：1症例2検体）
（正常十二指腸オルガノイドに遺伝子改変を加えたオルガノイド：1症例2検体）
健常者：1名（4検体）
（正常十二指腸オルガノイド：1症例2検体）
（正常十二指腸オルガノイドに遺伝子改変を加えたオルガノイド：1症例2検体） - 健康状態混在
- 対象者数72 (検体数)
- 疾患
- 大腸がん
- 十二指腸腺腫
- 胃がん
- 試料説明
- 腫瘍組織、正常組織のオルガノイドまたは遺伝子改変オルガノイドから抽出したRNA
- 組織結腸、十二指腸、Ileum、オルガノイド
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 細胞株
- Genetically engineered normal colon organoid
Genetically engineered normal duodenal organoid
Genetically engineered normal ileum organoid - 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq RNA Library Prep Kit
- 断片化
- 熱処理
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp