データセット ID
JGAD000284
- データの種類
- NGS（Exome）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 525 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0201
- 公開日
- 2020-09-28
- 更新日
- 2020-09-28
- DDBJ Search
- JGAD000284 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000199 (新しいタブで開きます)
解析手法
WES
- 材料と対象者
- 潰瘍性大腸炎（ICD10：K51）：29症例
（炎症組織のオルガノイド11検体、非炎症組織のオルガノイド14検体、末梢血12検体）
腫瘍を併発する潰瘍性大腸炎（ICD10：K51, C18, C19, C20）：26症例
（腫瘍組織のオルガノイド15検体、炎症組織のオルガノイド14検体、非炎症組織のオルガノイド5検体、末梢血10検体）
下部消化管内視鏡検査を受けた健常者：16名
（末梢血10検体、正常組織のオルガノイド24検体） - 健康状態混在
- 対象者数71 (人数)
- 疾患
- 潰瘍性大腸炎
- 腫瘍を併発する潰瘍性大腸炎
- 試料説明
- 疾患組織（腫瘍組織・炎症組織）・正常組織から樹立したオルガノイド、末梢血、および、疾患組織から抽出したDNA
- 組織結腸、オルガノイド、末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WES
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SureSelect Human All Exon
- 断片化
- 超音波断片化
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
Illumina HiSeq 4000
Illumina NovaSeq 6000 - リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 200 bp