データセット ID
JGAD000492
- データの種類
- NGS（RNA-seq、ChIP-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 208 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0201
- 公開日
- 2021-11-30
- 更新日
- 2022-10-27
- DDBJ Search
- JGAD000492 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000378 (新しいタブで開きます)
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
- 腫瘍性疾患：23＋4症例（35＋5検体）
（腫瘍組織39検体および非腫瘍組織 [正常大腸上皮] 1検体より樹立したオルガノイド）
小細胞肺がん（ICD10：C34）
胆道がん（ICD10：C23, C24, C78）
大腸がん（ICD10：C18-20）
十二指腸がん（ICD10：C17）
食道がん（ICD10：C15）
胃がん（ICD10：C16, C78）
肝がん（ICD10：C22）
膵がん（ICD10：C25） - 健康状態混在
- 対象者数40 (検体数)
- 疾患
- 小細胞肺がん
- 胆道がん
- 大腸がん
- 十二指腸がん
- 食道がん
- 胃がん
- 肝がん
- 膵がん
- 試料説明
- 腫瘍組織および非腫瘍組織（正常大腸上皮）より樹立したオルガノイドから抽出したRNA
BET阻害剤を添加した大腸腫瘍組織および非腫瘍組織（正常大腸上皮）由来のオルガノイドから抽出したRNA - 組織結腸、オルガノイド
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq RNA Library Prep Kit
TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit - 断片化
- 熱処理
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
Illumina HiSeq X
Illumina NovaSeq 6000 - リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 250 bp
150 bp
ChIP-seq
- 材料と対象者
- 腫瘍性疾患：4症例（5検体）
（腫瘍組織4検体および非腫瘍組織 [正常大腸上皮] 1検体より樹立したオルガノイド）
大腸がん（ICD10：C18） - 健康状態混在
- 対象者数5 (検体数)
- 疾患
- 大腸がん
- 試料説明
- 腫瘍組織非腫瘍組織（正常大腸上皮）より樹立したオルガノイドから抽出したDNAに対し、抗ヒストン抗体（H3K27Ac）を用いて免疫沈降
- 組織結腸、オルガノイド
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- ChIP-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Illumina Tagment DNA TDE1 Enzyme and Buffer Kits
- 断片化
- 超音波断片化（Bioruptor Ⅱ）
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq X
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp