2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
- 公開日
- 2021-11-30
- 更新日
- 2026-04-21
- 研究
- hum0201
- データの種類
- NGS(RNA-seq、ChIP-seq)
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- JGA Study
- JGAS000378
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
腫瘍性疾患: 23＋4症例(35＋5検体) (腫瘍組織39検体および非腫瘍組織 [正常大腸上皮] 1検体より樹立したオルガノイド) 小細胞肺がん(ICD10: C34) 胆道がん(ICD10: C23, C24, C78) 大腸がん(ICD10: C18-20) 十二指腸がん(ICD10: C17) 食道がん(ICD10: C15) 胃がん(ICD10: C16, C78) 肝がん(ICD10: C22) 膵がん(ICD10: C25)
- 実験方法
RNA-seq
- プラットフォーム
Illumina [HiSeq 2500/X Ten、NovaSeq 6000]
- 試料説明
腫瘍組織および非腫瘍組織(正常大腸上皮)より樹立したオルガノイドから抽出したRNA BET阻害剤を添加した大腸腫瘍組織および非腫瘍組織(正常大腸上皮)由来のオルガノイドから抽出したRNA
- ライブラリ構築
TruSeq RNA Library Prep Kit v2 TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit
- 断片化
熱処理
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
250 bp/150 bp
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
JGAD000336: 2.752 TB(fastq) JGAD000492: 190.5 GB(fastq)
- 利用ポリシー
ChIP-seq
- 材料と対象者
腫瘍性疾患: 4症例(5検体) (腫瘍組織4検体および非腫瘍組織 [正常大腸上皮] 1検体より樹立したオルガノイド) 大腸がん(ICD10: C18)
- 実験方法
ChIP-seq
- プラットフォーム
Illumina [HiSeq X Ten]
- 試料説明
腫瘍組織非腫瘍組織(正常大腸上皮)より樹立したオルガノイドから抽出したDNAに対し、抗ヒストン抗体(H3K27Ac)を用いて免疫沈降
- ライブラリ構築
Illumina Tagment DNA TDE1 Enzyme and Buffer Kits
- 断片化
超音波断片化(Bioruptor Ⅱ)
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
150 bp
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
190.5 GB(fastq)
- 利用ポリシー