2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
NBDC ヒトデータベース申請業務ならびにJGA関係の業務につきまして、以下の期間休業いたします：2026年8月12日(水) 〜 2026年8月17日(月) 休業期間中にいただいた申請やお問い合わせ等は、休業明けの 8月18日(火) より順次対応させていただきます。 上記休業期間の前後は通常より対応が遅れることがあります。予めご了承ください。 ご迷惑をおかけいたしますが、ご理解とご協力をお願いいたします。
- 公開日
- 2020-11-20
- 更新日
- 2026-04-21
- 研究
- hum0201
- データの種類
- NGS(WGS、RNA-seq)
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- JGA Study
- JGAS000237
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
腫瘍性疾患: 23＋4症例(35＋5検体) (腫瘍組織39検体および非腫瘍組織 [正常大腸上皮] 1検体より樹立したオルガノイド) 小細胞肺がん(ICD10: C34) 胆道がん(ICD10: C23, C24, C78) 大腸がん(ICD10: C18-20) 十二指腸がん(ICD10: C17) 食道がん(ICD10: C15) 胃がん(ICD10: C16, C78) 肝がん(ICD10: C22) 膵がん(ICD10: C25)
- 実験方法
RNA-seq
- プラットフォーム
Illumina [HiSeq 2500/X Ten、NovaSeq 6000]
- 試料説明
腫瘍組織および非腫瘍組織(正常大腸上皮)より樹立したオルガノイドから抽出したRNA BET阻害剤を添加した大腸腫瘍組織および非腫瘍組織(正常大腸上皮)由来のオルガノイドから抽出したRNA
- ライブラリ構築
TruSeq RNA Library Prep Kit v2 TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit
- 断片化
熱処理
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
250 bp/150 bp
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
JGAD000336: 2.752 TB(fastq) JGAD000492: 190.5 GB(fastq)
- 利用ポリシー