データセット ID
JGAD000669
- データの種類
- NGS（scRNA-seq、RNA-seq、Exome）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 172 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0201
- 公開日
- 2022-07-29
- 更新日
- 2022-07-29
- DDBJ Search
- JGAD000669 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000550 (新しいタブで開きます)
解析手法
WES
- 材料と対象者
- 潰瘍性大腸炎（ICD10：K51）：29症例
（炎症組織のオルガノイド11検体、非炎症組織のオルガノイド14検体、末梢血12検体）
腫瘍を併発する潰瘍性大腸炎（ICD10：K51, C18, C19, C20）：26症例
（腫瘍組織のオルガノイド15検体、炎症組織のオルガノイド14検体、非炎症組織のオルガノイド5検体、末梢血10検体）
腫瘍性疾患（ICD10：C18）：2症例
（正常大腸組織のオルガノイド8検体）
下部消化管内視鏡検査を受けた健常者：16名
（末梢血10検体、正常組織のオルガノイド24検体）
膵がん（ICD10：C25）：50症例
（腫瘍組織のオルガノイド50検体） - 健康状態混在
- 対象者数123 (人数)
- 疾患
- 潰瘍性大腸炎
- 腫瘍を併発する潰瘍性大腸炎
- 腫瘍性疾患
- 膵がん
- 試料説明
- 疾患組織（腫瘍組織・炎症組織）・正常組織から樹立したオルガノイド、末梢血、および、疾患組織から抽出したDNA
- 組織結腸、オルガノイド、末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WES
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SureSelect Human All Exon
- 断片化
- 超音波断片化
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
Illumina HiSeq 4000
Illumina NovaSeq 6000 - リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 200 bp
RNA-seq
- 材料と対象者
- 腫瘍性疾患（ICD10：C18）：2症例（8検体）
（正常大腸組織より樹立したオルガノイド） - 健康状態混在
- 対象者数8 (検体数)
- 疾患
- 腫瘍性疾患
- 試料説明
- 正常大腸組織より樹立したオルガノイドから抽出したRNA
- 組織十二指腸、オルガノイド
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq RNA Library Prep Kit
TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit - 断片化
- 熱処理
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
scRNA-seq
- 材料と対象者
- 腫瘍性疾患（ICD10：C16）：1症例（1検体）
（正常大腸組織） - 健康状態混在
- 対象者数1 (検体数)
- 疾患
- 腫瘍性疾患
- 試料説明
- 正常大腸組織から抽出したRNA
- 組織結腸、オルガノイド
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- scRNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Chromium Single Cell 3' v2
Chromium A Chip Kit - 断片化
- 酵素反応
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 4000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- read1: 28 bp
read2: 91 bp