2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
- 公開日
- 2022-07-29
- 更新日
- 2026-04-21
- 研究
- hum0201
- データの種類
- NGS(scRNA-seq、RNA-seq、Exome)
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- JGA Study
- JGAS000550
解析手法
WES
- 材料と対象者
潰瘍性大腸炎(ICD10: K51): 29症例 (炎症組織のオルガノイド11検体、非炎症組織のオルガノイド14検体、末梢血12検体) 腫瘍を併発する潰瘍性大腸炎(ICD10: K51, C18, C19, C20): 26症例 (腫瘍組織のオルガノイド15検体、炎症組織のオルガノイド14検体、非炎症組織のオルガノイド5検体、末梢血10検体) 腫瘍性疾患(ICD10: C18): 2症例 (正常大腸組織のオルガノイド8検体) 下部消化管内視鏡検査を受けた健常者: 16名 (末梢血10検体、正常組織のオルガノイド24検体) 膵がん(ICD10: C25): 50症例 (腫瘍組織のオルガノイド50検体)
- 実験方法
Exome
- プラットフォーム
Illumina [HiSeq 2500/4000、NovaSeq 6000]
- 試料説明
疾患組織(腫瘍組織・炎症組織)・正常組織から樹立したオルガノイド、末梢血、および、疾患組織から抽出したDNA
- ライブラリ構築
SureSelect Human All Exon kit
- 断片化
超音波断片化
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
200 bp
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
JGAD000284: 488 GB(fastq) JGAD000669: 59.5 GB(fastq) JGAD000852: 846.3 GB(fastq)
- 利用ポリシー
RNA-seq
- 材料と対象者
腫瘍性疾患(ICD10: C18): 2症例(8検体) (正常大腸組織より樹立したオルガノイド)
- 実験方法
RNA-seq
- プラットフォーム
Illumina [NovaSeq 6000]
- 試料説明
正常大腸組織より樹立したオルガノイドから抽出したRNA
- ライブラリ構築
TruSeq RNA Library Prep Kit v2 TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit
- 断片化
熱処理
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
150 x 2 bp
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
46.6 GB(fastq)
- 利用ポリシー
scRNA-seq
- 材料と対象者
腫瘍性疾患(ICD10: C16): 1症例(1検体) (正常大腸組織)
- 実験方法
scRNA-seq
- プラットフォーム
Illumina [HiSeq 4000]
- 試料説明
正常大腸組織から抽出したRNA
- ライブラリ構築
Single Cell 3′ Library & Gel Bead Kit v2 and the A Chip Kit (10X Genomics)
- 断片化
酵素反応
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
28+91 bp
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
66.0 GB (fastq)
- 利用ポリシー