2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
- 公開日
- 2024-08-30
- 更新日
- 2026-04-21
- 研究
- hum0201
- データの種類
- NGS(Exome、RNA-seq、scRNA-seq、ATAC-seq、ChIP-seq)
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- JGA Study
- JGAS000719
解析手法
WES
- 材料と対象者
潰瘍性大腸炎(ICD10: K51): 29症例 (炎症組織のオルガノイド11検体、非炎症組織のオルガノイド14検体、末梢血12検体) 腫瘍を併発する潰瘍性大腸炎(ICD10: K51, C18, C19, C20): 26症例 (腫瘍組織のオルガノイド15検体、炎症組織のオルガノイド14検体、非炎症組織のオルガノイド5検体、末梢血10検体) 腫瘍性疾患(ICD10: C18): 2症例 (正常大腸組織のオルガノイド8検体) 下部消化管内視鏡検査を受けた健常者: 16名 (末梢血10検体、正常組織のオルガノイド24検体) 膵がん(ICD10: C25): 50症例 (腫瘍組織のオルガノイド50検体)
- 実験方法
Exome
- プラットフォーム
Illumina [HiSeq 2500/4000、NovaSeq 6000]
- 試料説明
疾患組織(腫瘍組織・炎症組織)・正常組織から樹立したオルガノイド、末梢血、および、疾患組織から抽出したDNA
- ライブラリ構築
SureSelect Human All Exon kit
- 断片化
超音波断片化
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
200 bp
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
JGAD000284: 488 GB(fastq) JGAD000669: 59.5 GB(fastq) JGAD000852: 846.3 GB(fastq)
- 利用ポリシー
RNA-seq
- 材料と対象者
膵がん(ICD10: C25): 40症例(50検体) (腫瘍組織のオルガノイド: 38症例38検体) (正常膵管オルガノイドに遺伝子改変を加えたオルガノイド: 2症例12検体)
- 実験方法
RNA-seq
- プラットフォーム
Illumina [HiSeq 4000、NovaSeq 6000]
- 試料説明
腫瘍組織のオルガノイドまたは遺伝子改変オルガノイドから抽出したRNA
- ライブラリ構築
TruSeq RNA Library Prep Kit v2 TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit
- 断片化
熱処理
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
150 x 2 bp
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
846.3 GB(fastq)
- 利用ポリシー
scRNA-seq
- 材料と対象者
膵がん(ICD10: C25): 1症例(6検体) (正常膵管オルガノイドに遺伝子改変を加えたオルガノイド)
- 実験方法
scRNA-seq
- プラットフォーム
Illumina [HiSeq 4000]
- 試料説明
遺伝子改変オルガノイドから抽出したRNA
- ライブラリ構築
Chromium Next GEM Single Cell 3' Reagent Kits v3.1
- 断片化
酵素反応
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
28+91 bp
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
846.3 GB (fastq)
- 利用ポリシー
ChIP-seq
- 材料と対象者
膵がん(ICD10: C25): 5症例(13検体) (腫瘍組織のオルガノイド: 3症例3検体) (正常膵管オルガノイドに遺伝子改変を加えたオルガノイド: 2症例10検体)
- 実験方法
ChIP-seq
- プラットフォーム
Illumina [HiSeq X Ten]
- 試料説明
腫瘍組織のオルガノイドまたは遺伝子改変オルガノイドから抽出したDNAに対し、抗ヒストン抗体(H3K27me3)を用いて免疫沈降
- ライブラリ構築
Illumina Tagment DNA TDE1 Enzyme and Buffer Kits
- 断片化
超音波断片化(Bioruptor Ⅱ)
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
150 bp
- 解析方法
MACS2
- フィルタリング
FRiP score
- マッピング
Bowtie2
- リファレンス配列
hg38
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
882.8 GB(fastq、bed)
- 利用ポリシー
ATAC-seq
- 材料と対象者
膵がん(ICD10: C25): 12症例(16検体) (腫瘍組織のオルガノイド: 10症例12検体) (正常膵管オルガノイドに遺伝子改変を加えたオルガノイド: 2症例4検体)
- 実験方法
ATAC-seq
- プラットフォーム
Illumina [HiSeq X Ten]
- 試料説明
腫瘍組織のオルガノイドまたは遺伝子改変オルガノイドから抽出したDNA
- ライブラリ構築
Omni-ATAC protocol
- 断片化
Tn5 transposase
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
150 x 2 bp
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
846.3 GB(fastq)
- 利用ポリシー