データセット ID
JGAD000852
- データの種類
- NGS（Exome、RNA-seq、scRNA-seq、ATAC-seq、ChIP-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 846 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- BED
- 研究
- hum0201
- 公開日
- 2024-08-30
- 更新日
- 2024-08-30
- DDBJ Search
- JGAD000852 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000719 (新しいタブで開きます)
解析手法
WES
- 材料と対象者
- 膵がん（ICD10：C25）：50症例
（腫瘍組織のオルガノイド50検体） - 健康状態混在
- 対象者数50 (人数)
- 疾患
- 膵がん
- 試料説明
- 疾患組織（腫瘍組織・炎症組織）・正常組織から樹立したオルガノイド、末梢血、および、疾患組織から抽出したDNA
- 組織結腸、オルガノイド、末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WES
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SureSelect Human All Exon
- 断片化
- 超音波断片化
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
Illumina HiSeq 4000
Illumina NovaSeq 6000 - リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 200 bp
RNA-seq
- 材料と対象者
- 膵がん（ICD10：C25）：40症例（50検体）
（腫瘍組織のオルガノイド：38症例38検体）
（正常膵管オルガノイドに遺伝子改変を加えたオルガノイド：2症例12検体） - 健康状態罹患
- 対象者数50 (検体数)
- 疾患
- 膵がん
- 試料説明
- 腫瘍組織のオルガノイドまたは遺伝子改変オルガノイドから抽出したRNA
- 組織オルガノイド、膵臓
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 細胞株
- Genetically engineered pancreatic duct organoid
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq RNA Library Prep Kit
TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit - 断片化
- 熱処理
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 4000
Illumina NovaSeq 6000 - リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
scRNA-seq
- 材料と対象者
- 膵がん（ICD10：C25）：1症例（6検体）
（正常膵管オルガノイドに遺伝子改変を加えたオルガノイド） - 健康状態罹患
- 対象者数6 (検体数)
- 疾患
- 膵がん
- 試料説明
- 遺伝子改変オルガノイドから抽出したRNA
- 組織オルガノイド、膵臓
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 細胞株
- Genetically engineered pancreatic duct organoid
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- scRNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Chromium Next GEM Single Cell 3' v3.1
- 断片化
- 酵素反応
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 4000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- read1: 28 bp
read2: 91 bp
ChIP-seq
- 材料と対象者
- 膵がん（ICD10：C25）：5症例（13検体）
（腫瘍組織のオルガノイド：3症例3検体）
（正常膵管オルガノイドに遺伝子改変を加えたオルガノイド：2症例10検体） - 健康状態罹患
- 対象者数13 (検体数)
- 疾患
- 膵がん
- 試料説明
- 腫瘍組織のオルガノイドまたは遺伝子改変オルガノイドから抽出したDNAに対し、抗ヒストン抗体（H3K27me3）を用いて免疫沈降
- 組織オルガノイド、膵臓
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 細胞株
- Genetically engineered pancreatic duct organoid
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- ChIP-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Illumina Tagment DNA TDE1 Enzyme and Buffer Kits
- 断片化
- 超音波断片化（Bioruptor Ⅱ）
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq X
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- Bowtie2
- QC・フィルタリング
- FRiP score
- 解析方法
- MACS2
- 加工データの種類
- Peak calls
ATAC-seq
- 材料と対象者
- 膵がん（ICD10：C25）：12症例（16検体）
（腫瘍組織のオルガノイド：10症例12検体）
（正常膵管オルガノイドに遺伝子改変を加えたオルガノイド：2症例4検体） - 健康状態罹患
- 対象者数16 (検体数)
- 疾患
- 膵がん
- 試料説明
- 腫瘍組織のオルガノイドまたは遺伝子改変オルガノイドから抽出したDNA
- 組織オルガノイド、膵臓
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 細胞株
- Genetically engineered pancreatic duct organoid
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- ATAC-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Omni-ATAC
- 断片化
- Tn5 transposase
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq X
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp