データセット ID
JGAD000891
- データの種類
- JGAD000335の加工データ（ミトコンドリアのバリアントコール）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 556 KB
- ファイル形式
- VCF
- IDX
- 研究
- hum0201
- 公開日
- 2024-10-17
- 更新日
- 2024-10-17
- DDBJ Search
- JGAD000891 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000237 (新しいタブで開きます)
解析手法
WGS
- 材料と対象者
- 腫瘍性疾患：23症例（55検体）
（腫瘍組織および非腫瘍組織より樹立したオルガノイドおよび末梢血）
小細胞肺がん（ICD10：C34）
胆道がん（ICD10：C23, C24, C78）
大腸がん（ICD10：C18-20）
十二指腸がん（ICD10：C17）
食道がん（ICD10：C15）
胃がん（ICD10：C16, C78）
肝がん（ICD10：C22）
膵がん（ICD10：C25） - 健康状態罹患
- 対象者数55 (検体数)
- 疾患
- 小細胞肺がん
- 胆道がん
- 大腸がん
- 十二指腸がん
- 食道がん
- 胃がん
- 肝がん
- 膵がん
- 試料説明
- 腫瘍組織および非腫瘍組織より樹立したオルガノイドおよび末梢血から抽出したDNA
- 組織オルガノイド、末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WGS
- 測定対象
- N/A
- 断片化
- 超音波断片化
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq X
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 300 bp
- 加工データの種類
- Mitochondrial variant calls