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NBDC ヒトデータベース

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システムメンテナンスに伴い、以下の日程で、NBDCヒトデータベース申請システムならびにヒトデータ審査委員会による審査が停止いたします。
停止期間：2026年10月5日(月) 9:00 ～ 10月7日(水) 15:00
ご迷惑をおかけしますが、どうぞ宜しくお願いいたします。

現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです

2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします

研究 ID

hum0201-v5リリース情報

このページは過去のバージョン (v5) です。最新のバージョンは v9 です。
最新バージョン (v9)

研究題目

ヒト腫瘍試料の収集・分譲とゲノム情報を利用した研究 / 既存試料の分譲とゲノム情報を利用した研究 / 消化器慢性炎症性疾患における遺伝子変異の検索

研究概要

目的
消化管上皮細胞の、正常組織・炎症組織（消化器炎症性疾患）・腫瘍組織のゲノム解析による形質上の相違の探索
研究方法
JGAS000199：腸管上皮細胞の疾患組織（腫瘍・炎症部位）および正常組織から樹立したオルガノイド、末梢血、および、疾患組織から抽出したDNAを用いたWhole Exome sequencing解析
JGAS000237：腫瘍性疾患の腫瘍組織および非腫瘍組織より樹立したオルガノイドおよび末梢血から抽出したDNA、RNAを用いたWhole Genome sequencing解析、RNA sequencing解析
JGAS000256：培養液のローテーションによる遺伝子発現変化の検出を目的とした、2D培養した正常十二指腸オルガノイドから抽出したRNAを用いたRNA sequencing解析
JGAS000378：大腸腫瘍組織および非腫瘍組織由来のオルガノイドならびにBromodomain and extraterminal（BET）ブロモドメイン選択的阻害（(+)-JQ1）を添加した大腸腫瘍組織および非腫瘍組織由来のオルガノイドを用いたRNA sequencing解析、ならびにChIP sequencing解析
JGAS000350：大腸腫瘍由来のオルガノイドを用いたRNA sequencing解析
JGAS000550：腫瘍性疾患を有する患者の正常大腸組織を用いたsingle cell RNA sequencing解析および正常大腸オルガノイドを用いたRNA sequencingとWhole Exome sequencing解析
JGAS000719：膵がん組織周辺の正常膵管オルガノイドを対象とし、CRISPR-Cas9を用いてがん遺伝子を編集した遺伝子改変オルガノイド、および、膵がん腫瘍組織由来のオルガノイドから抽出したDNA、RNAを用いたWhole Exome sequencing解析、RNA sequencing解析、single cell RNA sequencing解析、ATAC sequencing解析、ならびにChIP sequencing解析
JGAS000881：十二指腸腫瘍、正常十二指腸、正常回腸、正常大腸より樹立したオルガノイド、ならびに、正常回腸、正常大腸より樹立したオルガノイドに遺伝子改変を加えたオルガノイドから抽出したDNA、RNAを用いたWhole Exome sequencing解析、RNA sequencing解析
対象
JGAS000199：潰瘍性大腸炎29症例、腫瘍を併発する潰瘍性大腸炎26症例、下部消化管内視鏡検査を受けた健常者16名
JGAS000237：腫瘍性疾患23症例
JGAS000256：腫瘍性疾患1症例1検体の正常十二指腸組織
JGAS000378：腫瘍性疾患4症例の腫瘍組織4検体および非腫瘍組織 （正常大腸上皮）1検体
JGAS000350：腫瘍性疾患2症例11検体（1症例から2検体、もう1症例から9検体）
JGAS000550：腫瘍性疾患3症例17検体の正常大腸組織
JGAS000719：膵がん50症例
JGAS000881：大腸がん3症例、十二指腸腺腫3症例、胃がん1症例、健常者1名
URL
N/A

データセット

データセットの一覧はこのバージョンのものですが、各データセットの内容は現在のものを表示しています。

カートデータセット IDデータの種類解析手法アクセス制限公開日
JGAD000284NGS（Exome）
  • WES
制限公開（Type I）2020-09-28
JGAD000335NGS（WGS、RNA-seq）
  • WGS
制限公開（Type I）2020-11-20
JGAD000336NGS（WGS、RNA-seq）
  • RNA-seq
制限公開（Type I）2020-11-20
JGAD000687JGAD000335の加工データ
  • WGS
制限公開（Type I）2023-08-21
JGAD000891JGAD000335の加工データ（ミトコンドリアのバリアントコール）
  • WGS
制限公開（Type I）2024-10-17
JGAD000492NGS（RNA-seq、ChIP-seq）
  • RNA-seq
  • ChIP-seq
制限公開（Type I）2021-11-30
JGAD000359NGS（RNA-seq）
  • RNA-seq
制限公開（Type I）2020-11-20
JGAD000464NGS（RNA-seq）
  • RNA-seq
制限公開（Type I）2022-06-06

提供者

研究代表者
佐藤 俊朗
所属機関
慶應義塾大学医学部 坂口光洋記念講座（オルガノイド医学）

研究プロジェクト情報

研究プロジェクト情報はありません。

助成金情報

科研費・助成金名研究課題名研究課題番号
日本医療研究開発機構（AMED） 老化メカニズムの解明・制御プロジェクト
消化器疾患発症制御を目指した加齢形質変化の理解
  • JP19gm5010002
日本医療研究開発機構（AMED） 次世代がん医療創生研究事業（P-CREATE）
がん多階層フェノタイプの理解に基づいた先端的創薬システムの開発
  • JP19cm0106206
日本医療研究開発機構 革新的先端研究開発支援事業（AMED-CREST）
新しい4次元モデルシステムを用いた腸管線維化疾患の病態解明
  • JP19gm1210001
科学研究費助成事業 基盤研究（S）
オルガノドライブラリーの構築による消化器疾患形質の統合的理解
  • 17H06176
科学研究費助成事業 基盤研究（B）
小腸上皮オルガノイドにより創出した移植グラフトの機能解析
  • 20H03746
科学研究費助成事業 基盤研究（S）
ニッチ構築によるヒト消化器疾患の発症・進展のメカニズムを解き明かす
  • 22H04995

関連論文

タイトルDOIデータセット ID
Somatic inflammatory gene mutations in human ulcerative colitis epithelium
https://doi.org/10.1038/s41586-019-1844-5 (新しいタブで開きます)
An Organoid Biobank of Neuroendocrine Neoplasms Enables Genotype-Phenotype Mapping
https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.10.023 (新しいタブで開きます)
An organoid-based organ repurposing approach to treat short bowel syndrome
https://doi.org/10.1038/s41586-021-03247-2 (新しいタブで開きます)
Organoid screening reveals epigenetic vulnerabilities in human colorectal cancer
https://doi.org/10.1038/s41589-022-00984-x (新しいタブで開きます)

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関国・州名研究題目データ利用期間データセット ID
Klaus KaestnerInstitue for Diabetes, Obesity & Metabolism at Unversity of Pennsylvaniaアメリカ合衆国 (ペンシルベニア州)Somatic mutation analysis of the pancreas in type 1 diabetes2020-04-13 – 2021-09-08
Ulf LeserDepartment of Mathematics and Computer Science, Humboldt-Universitaet zu BerlinドイツMAPTor-NET: MAPK-mTOR network model driven individualized therapies of pancreatic neuro-endocrine tumors (pNETs)2021-06-08 – 2023-06-05
有田 正規生命情報・DDBJ センター, 国立遺伝学研究所日本DDBJ センターと NBDC による JGA 解析データの提供2021-10-07 – 2030-03-31
田沼 延公研究所, 宮城県立がんセンター日本患者由来オルガノイドを用いた、膵・消化管神経内分泌腫瘍の生物学的特性の解明2022-09-22 – 2024-11-25
浜田 道昭浜田研究室, 理工学術院, 早稲田大学日本RNA標的創薬データベースの構築2023-01-05 – 2027-10-31
吉田 健一がん進展研究分野, 国立がん研究センター日本固形腫瘍のゲノム解析に関する多施設共同研究2024-08-01 – 2028-03-31
山本 拓也プレシジョン免疫プロジェクト, 国立研究開発法人 医薬基盤・健康・栄養研究所日本新規がん抗原の同定に基づく消化器がんおよび悪性黒色腫（メラノーマ）に対するワクチン開発基盤研究 2024-11-12 – 2026-03-31