hum0035 のリリース情報
hum0035-v5
2020-12-18- このリリースで追加されたデータセット
- リリースノート
- このバージョンでは、小児高リスク神経芽腫30症例の腫瘍組織を対象とした以下の解析結果を追加した（JGAS000246）。
・RNA-seq解析：BioLabs NEBNext Ultra RNA Library Prep Kit for Illuminaを用いてライブラリを作製し、HiSeq 2500にて平均長108塩基断片を解読した（Paired-end）。
・Target Capture解析：塩基配列型決定には、HiSeq 2000、MiSeq（Illumina）を使用している。
hum0035-v4
2020-12-14- このリリースで追加されたデータセット
- リリースノート
- このバージョンでは、小児胚細胞腫瘍51症例の腫瘍組織を対象とした以下の解析結果を追加した（JGAS000204）。
・SNP-chip解析：Copy Number Variation (CNV)の決定には、GeneChip Human Mapping 250k NsplもしくはCytoscan HD（Affymetrix）を使用している。
・Target Capture解析：塩基配列型決定には、HiSeq 2000、MiSeq（Illumina）を使用している。
・RNA-seq解析：BioLabs NEBNext Ultra RNA Library Prep Kit for Illumina もしくはIllumina TruSeq RNA Sample Preparation Kit v2 を用いてライブラリを作製し、HiSeq 2500にて平均長108塩基断片を解読した（Paired-end）。
・メチル化アレイ解析：Infinium MethylationEPIC（Illumina）を用いてメチル化解析を行った。
hum0035-v3
2020-05-29- このリリースで追加されたデータセット
- リリースノート
- このバージョンでは、小児肝芽腫59症例の腫瘍組織とHBL細胞株2検体を対象とした以下の解析結果を追加した（JGAS000188）。
・SNP-chip解析：Copy Number Variation (CNV)の決定には、GeneChip Human Mapping 250k NsplもしくはCytoscan HD（Affymetrix）を使用している。
・Target Capture解析：塩基配列型決定には、HiSeq 2000、MiSeq（Illumina）を使用している。
・RNA-seq解析：BioLabs NEBNext Ultra RNA Library Prep Kit for Illumina もしくはIllumina TruSeq RNA Sample Preparation Kit v2 を用いてライブラリを作製し、HiSeq 2500にて平均長108塩基断片を解読した（Paired-end）。
・メチル化アレイ解析：Infinium MethylationEPIC（Illumina）を用いてメチル化解析を行った。
hum0035-v2
2017-12-26- このリリースで追加されたデータセット
- リリースノート
- このバージョンでは、神経芽腫522症例、小児膵芽腫10症例の腫瘍組織と、対応する末梢血（非腫瘍組織）、神経芽腫細胞株39検体を対象とした以下の解析結果を追加した（JGAS000046、JGAS000088）。
・SNP-chip解析：神経芽腫522症例、小児膵芽腫10症例の腫瘍組織と、対応する末梢血（非腫瘍組織）、神経芽腫細胞株39検体
Copy Number Variation (CNV)の決定には、GeneChip Human Mapping 250k NsplもしくはCytoscan HD（Affymetrix）を使用している。
・NGSによるTarget amplicon deep sequencing：神経芽腫 522症例の腫瘍組織
塩基配列型決定には、HiSeq 2000、MiSeq（Illumina）を使用している。
・エクソーム解析：小児膵芽腫10症例の腫瘍組織と、対応する末梢血（非腫瘍組織）
SureSelect Human ALL Exon kit（50Mb kit, v4もしくはv5）を用いてExon領域にしぼり、HiSeq 2000/2500にて平均長75-108塩基のDNA断片を解読した（Paired-end）。
・RNA-seq解析：小児膵芽腫10症例の腫瘍組織のみ
BioLabs NEBNext Ultra RNA Library Prep Kit for Illumina もしくはIllumina TruSeq RNA Sample Preparation Kit v2 を用いてライブラリを作製し、HiSeq 2500にて平均長108塩基断片を解読した（Paired-end）。
・メチル化アレイ解析：小児膵芽腫10症例の腫瘍組織のみ
Infinium MethylationEPIC（Illumina）を用いてメチル化解析を行った。
hum0035-v1
2015-09-16- このリリースで追加されたデータセット
- リリースノート
- このバージョンでは、小児横紋筋肉腫16症例および胸膜肺芽腫7症例の腫瘍組織と、対応する末梢血（非腫瘍組織）をペアでエクソーム解析し、その結果をbamファイルにて提供する（JGAS000036）。SureSelect Human ALL Exon kit（50Mb kit, v4）を用いてExon領域にしぼり、HiSeq 2000/2500にて平均長75-108塩基のDNA断片を解読した（Paired-end）。