データセット ID
JGAD000270
- データの種類
- HBLのSNP-chip
HBLのメチル化アレイ
HBLのNGS（Target Capture）
HBLのNGS（RNA-seq） - アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 519 GB
- ファイル形式
- BAM
- IDAT
- CEL
- 研究
- hum0035
- 公開日
- 2020-09-28
- 更新日
- 2020-11-18
- DDBJ Search
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- JGA Study
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このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| 380genesregions.xlsx | 380遺伝子/領域の一覧 | 13.4 KB |
解析手法
Genotyping by array
- 材料と対象者
- HBL：59症例、HBL細胞株：2検体（ICD10：C222）
- 健康状態罹患
- 対象者数61 (混在)
- 年齢層小児
- 疾患
- HBL (C222)
- 試料説明
- 神経芽腫、小児膵芽腫の腫瘍組織、および対応する末梢血（非腫瘍組織）、小児肝芽腫、小児胚細胞腫瘍の腫瘍組織、並びに神経芽腫細胞株およびHBL細胞株から抽出したDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 細胞株
- Hepatoblastoma cell line
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Genotyping by array
- 測定対象
- N/A
- プラットフォーム
- Affymetrix GeneChip Human Mapping 250K Nsp Array
- 解析方法
- Copy Number for GeneChip software (CNAG) and allele-specific copy-number analysis using anonymous references (AsCNAR)
- バリアント数
- GeneChip Human Mapping 250K Nsp Array: 262,264 CNVs
- 表現型データの有無
- あり
メチル化アレイ
- 材料と対象者
- HBL：59症例、HBL細胞株：2検体（ICD10：C222）
- 健康状態罹患
- 対象者数61 (混在)
- 年齢層小児
- 疾患
- HBL (C222)
- 試料説明
- 小児膵芽腫、小児肝芽腫、および小児胚細胞腫瘍の腫瘍組織から抽出したDNA
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 細胞株
- Hepatoblastoma cell line
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Methylation array
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Infinium MethylationEPIC BeadChip Kit
- プラットフォーム
- Illumina Infinium MethylationEPIC
- QC・フィルタリング
- N/A
- 正規化
- N/A
- 解析方法
- N/A
- プローブ数
- 450 (K プローブ raw data)
- 表現型データの有無
- あり
RNA-seq
- 材料と対象者
- HBL：59症例、HBL細胞株：2検体（ICD10：C222）
- 健康状態罹患
- 対象者数61 (混在)
- 年齢層小児
- 疾患
- HBL (C222)
- 試料説明
- 小児膵芽腫、小児肝芽腫、小児胚細胞腫瘍および小児高リスク神経芽腫の腫瘍組織、並びにHBL細胞株から抽出したRNA
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 細胞株
- Hepatoblastoma cell line
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- NEBNext Ultra RNA Library Prep Kit for Illumina
TruSeq RNA Library Prep Kit - 断片化
- 上記キットに準拠
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 108 bp
- 参照ゲノム
- GRCh37
- 表現型データの有無
- あり
Targeted DNA sequencing
- 材料と対象者
- HBL：59症例、HBL細胞株：2検体（ICD10：C222）
- 健康状態罹患
- 対象者数61 (混在)
- 年齢層小児
- 疾患
- HBL (C222)
- 試料説明
- 小児肝芽腫、小児胚細胞腫瘍および小児高リスク神経芽腫の腫瘍組織とHBL細胞株から抽出したDNA
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 細胞株
- Hepatoblastoma cell line
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Targeted DNA sequencing
- 測定対象
- 小児がんに関連する380の遺伝子または領域
（380遺伝子/領域の一覧） - 試薬キット
- NEBNext Ultra DNA Library Prep Kit for Illumina
- 断片化
- 超音波断片化（Covaris E220）
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2000
Illumina MiSeq - リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp
150 bp - 参照ゲノム
- GRCh37
- 表現型データの有無
- あり