データセット ID

JGAD000088

Name: JGAD000088: PBLのSNP-chip、PBLのメチル化アレイ、PBLのNGS（Exome）、PBLのNGS（RNA-seq）
Published: 2020-09-28

解析手法

材料と対象者: PBL：10症例; 健康状態
混在
対象者数
10 (人数)
年齢層
小児
試料説明: 小児横紋筋肉腫、胸膜肺芽腫、小児膵芽腫の腫瘍組織、および対応する末梢血（非腫瘍組織）から抽出したDNA; 組織
末梢血
腫瘍 / 非腫瘍
混在
試料の入手元: N/A
実験方法: WES
測定対象: N/A
試薬キット: SureSelect Human All Exon
断片化: 超音波断片化（Covaris S220）
プラットフォーム: Illumina HiSeq 2000
Illumina HiSeq 2500
リードタイプ: ペアエンド
リード長: 75–108 bp
参照ゲノム: GRCh37
European Genome-phenome Archive Accession: EGAD00001000822 / EGAS00001000662（PPB）
EGAD00001001105 / EGAS00001000884（RMS）
利用ポリシー: NBDC データ共有ポリシー (JGAP000001)

材料と対象者: PBL：10症例; 健康状態
混在
対象者数
10 (人数)
年齢層
小児
試料説明: 神経芽腫、小児膵芽腫の腫瘍組織、および対応する末梢血（非腫瘍組織）、小児肝芽腫、小児胚細胞腫瘍の腫瘍組織、並びに神経芽腫細胞株およびHBL細胞株から抽出したDNA; 組織
末梢血
腫瘍 / 非腫瘍
混在
細胞株: Hepatoblastoma cell line
試料の入手元: N/A
実験方法: Genotyping by array
測定対象: N/A
試薬キット: CytoScan HD Kit
プラットフォーム: Affymetrix CytoScan HD
解析方法: Copy Number for GeneChip software (CNAG) and allele-specific copy-number analysis using anonymous references (AsCNAR)
バリアント数: CytoScan HD Array: 2,696,550 CNVs
表現型データの有無: あり
利用ポリシー: NBDC データ共有ポリシー (JGAP000001)

材料と対象者: PBL：10症例; 健康状態
罹患
対象者数
10 (人数)
年齢層
小児
試料説明: 小児膵芽腫、小児肝芽腫、小児胚細胞腫瘍および小児高リスク神経芽腫の腫瘍組織、並びにHBL細胞株から抽出したRNA; 腫瘍 / 非腫瘍
腫瘍
細胞株: Hepatoblastoma cell line
試料の入手元: N/A
実験方法: RNA-seq
測定対象: N/A
試薬キット: NEBNext Ultra RNA Library Prep Kit for Illumina
TruSeq RNA Library Prep Kit
断片化: 上記キットに準拠
プラットフォーム: Illumina HiSeq 2500
リードタイプ: ペアエンド
リード長: 108 bp
参照ゲノム: GRCh37
利用ポリシー: NBDC データ共有ポリシー (JGAP000001)