データセット ID
JGAD000346
- データの種類
- 小児高リスク神経芽腫のNGS（RNA-seq）
小児高リスク神経芽腫のNGS（Target Capture） - アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 309 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- BAM
- TXT
- 研究
- hum0035
- 公開日
- 2020-12-21
- 更新日
- 2022-02-16
- DDBJ Search
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- JGA Study
- JGAS000246 (新しいタブで開きます)
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| 380genesregions.xlsx | 380遺伝子/領域の一覧 | 13.4 KB |
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
- 小児高リスク神経芽腫（ICD10：C749）：30症例
- 健康状態罹患
- 対象者数30 (人数)
- 年齢層小児
- 疾患
- 小児高リスク神経芽腫 (C749)
- 試料説明
- 小児膵芽腫、小児肝芽腫、小児胚細胞腫瘍および小児高リスク神経芽腫の腫瘍組織、並びにHBL細胞株から抽出したRNA
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 細胞株
- Hepatoblastoma cell line
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- NEBNext Ultra RNA Library Prep Kit for Illumina
TruSeq RNA Library Prep Kit - 断片化
- 上記キットに準拠
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 108 bp
- 参照ゲノム
- GRCh37
Targeted DNA sequencing
- 材料と対象者
- 小児高リスク神経芽腫（ICD10：C749）：30症例
- 健康状態罹患
- 対象者数30 (人数)
- 年齢層小児
- 疾患
- 小児高リスク神経芽腫 (C749)
- 試料説明
- 小児肝芽腫、小児胚細胞腫瘍および小児高リスク神経芽腫の腫瘍組織とHBL細胞株から抽出したDNA
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 細胞株
- Hepatoblastoma cell line
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Targeted DNA sequencing
- 測定対象
- 小児がんに関連する380の遺伝子または領域
（380遺伝子/領域の一覧） - 試薬キット
- NEBNext Ultra DNA Library Prep Kit for Illumina
- 断片化
- 超音波断片化（Covaris E220）
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2000
Illumina MiSeq - リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp
150 bp - 参照ゲノム
- GRCh37