データセット ID

JGAD000289

Name: JGAD000289: 小児胚細胞腫瘍のSNP-chip、小児胚細胞腫瘍のメチル化アレイ、小児胚細胞腫瘍のNGS（Target Capture）、小児胚細胞腫瘍のNGS（RNA-seq）
Published: 2020-12-21

データの種類: 小児胚細胞腫瘍のSNP-chip
小児胚細胞腫瘍のメチル化アレイ
小児胚細胞腫瘍のNGS（Target Capture）
小児胚細胞腫瘍のNGS（RNA-seq）
アクセス制限: 制限公開（Type I）
総データ量: 444 GB
ファイル形式: BAM
IDAT
CEL
研究: hum0035
公開日: 2020-12-21
更新日: 2020-12-21
DDBJ Search: JGAD000289 (新しいタブで開きます)
JGA Study: JGAS000204 (新しいタブで開きます)

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380genesregions.xlsx	380遺伝子/領域の一覧	13.4 KB

材料と対象者: 小児胚細胞腫瘍（ICD10：C809）：51症例; 健康状態
罹患
対象者数
51 (人数)
疾患: 小児胚細胞腫瘍 (C809)
試料説明: 神経芽腫、小児膵芽腫の腫瘍組織、および対応する末梢血（非腫瘍組織）、小児肝芽腫、小児胚細胞腫瘍の腫瘍組織、並びに神経芽腫細胞株およびHBL細胞株から抽出したDNA; 組織
末梢血
腫瘍 / 非腫瘍
混在
細胞株: Hepatoblastoma cell line
試料の入手元: N/A
実験方法: Genotyping by array
測定対象: N/A
試薬キット: CytoScan HD Kit
プラットフォーム: Affymetrix CytoScan HD
解析方法: Copy Number for GeneChip software (CNAG) and allele-specific copy-number analysis using anonymous references (AsCNAR)
バリアント数: CytoScan HD Array: 2,696,550 CNVs
利用ポリシー: NBDC データ共有ポリシー (JGAP000001)

材料と対象者: 小児胚細胞腫瘍（ICD10：C809）：49症例; 健康状態
罹患
対象者数
49 (人数)
年齢層
小児
疾患: 小児胚細胞腫瘍 (C809)
試料説明: 小児膵芽腫、小児肝芽腫、小児胚細胞腫瘍および小児高リスク神経芽腫の腫瘍組織、並びにHBL細胞株から抽出したRNA; 腫瘍 / 非腫瘍
腫瘍
細胞株: Hepatoblastoma cell line
試料の入手元: N/A
実験方法: RNA-seq
測定対象: N/A
試薬キット: NEBNext Ultra RNA Library Prep Kit for Illumina
TruSeq RNA Library Prep Kit
断片化: 上記キットに準拠
プラットフォーム: Illumina HiSeq 2500
リードタイプ: ペアエンド
リード長: 108 bp
参照ゲノム: GRCh37
表現型データの有無: あり
利用ポリシー: NBDC データ共有ポリシー (JGAP000001)