データセット ID
JGAD000046
- データの種類
- NBのSNP-chip
NBのTarget amplicon deep sequencing（NGS） - アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 34.8 GB
- ファイル形式
- CEL
- XLSX
- 研究
- hum0035
- 公開日
- 2020-09-28
- 更新日
- 2020-11-18
- DDBJ Search
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このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| hum0035_ | 論文で使用したサンプルの一覧 | 22.9 KB |
解析手法
Genotyping by array
- 疾患
- NB (C749)
- 試料説明
- 神経芽腫、小児膵芽腫の腫瘍組織、および対応する末梢血（非腫瘍組織）、小児肝芽腫、小児胚細胞腫瘍の腫瘍組織、並びに神経芽腫細胞株およびHBL細胞株から抽出したDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 細胞株
- Hepatoblastoma cell line
Neuroblastoma cell line - 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Genotyping by array
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- CytoScan HD Kit
- プラットフォーム
- Affymetrix CytoScan HD
Affymetrix GeneChip Human Mapping 250K Nsp Array - 解析方法
- Copy Number for GeneChip software (CNAG) and allele-specific copy-number analysis using anonymous references (AsCNAR)
- バリアント数
- GeneChip Human Mapping 250K Nsp Array: 262,264 CNVs
CytoScan HD Array: 2,696,550 CNVs - 表現型データの有無
- あり
Targeted DNA sequencing
- 材料と対象者
- NB（ICD10：C749）：522症例
- 健康状態罹患
- 対象者数522 (人数)
- 疾患
- NB (C749)
- 試料説明
- 神経芽腫の腫瘍組織から抽出したDNA
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Targeted DNA sequencing
- 測定対象
- 159症例（NB_001～NB_159）：
CHEK1, MRE11A, H2AFX, TP53, BRCA1, CHEK2, BARD1
500症例（リスト参照）：
ALK, MYCN, ATRX, ARID1A, ARID1B, PHOX2B, PTPN11, HRAS, KRAS, NRAS - 試薬キット
- NEBNext Ultra DNA Library Prep Kit for Illumina
- 断片化
- 超音波断片化（Covaris E220）
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2000
Illumina MiSeq - リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp
150 bp - 参照ゲノム
- GRCh37
- マッピング
- BWA
- 解析方法
- SAMtools