研究 ID
hum0350-v1リリース情報
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研究題目
ヒト遺伝子多型とオミックスデータの統合解析のための基盤構築研究
研究概要
- 目的
- 多因子疾患の中で、免疫系が関与する疾病（自己免疫疾患、アレルギー疾患、感染症、癌、移植など）には適切な治療が少ない疾病が多い。この問題を解決し、よりよい治療法を見つけ出すために、ヒト免疫機能の十分な理解と疾患における病態の適切な把握が必要である。本研究では、健常人由来のリンパ球など免疫担当細胞を対象としたオミックス解析と遺伝子多型解析をベースにした新しい疾病研究の方法論を確立し、病態の理解と創薬の標的確定に重要な情報を蓄積する。そのための基盤データとして、健常人における免疫担当細胞のそれぞれのサブセットにおける、遺伝子発現を中心としたオミックス解析を遂行する。
- 研究方法
- 健常者3名の全血から単離したCD4陽性T細胞から抽出したRNAまたはDNAに対して5' single-cell RNA-seq、3' single-cell RNA-seq、Micro-C、Region Capture Micro-C、CITE-seq、Multimodal assay（single-nucleus ATAC-seq、 3' and 5' single-nucleus RNA-seq、 5' single-cell RNA-seq）、MAS-seq、CAGE-seq、NET-CAGE-seq を実施した。CRISPR-activated Jurkat cellsから抽出したRNAに対してCAGE-seq を実施した。
- 対象
- 日本人健常者3名（男性1名、女性2名）、CRISPR-activated Jurkat cells
- URL
- N/A
データセット
| カート | データセット ID | データの種類 | 解析手法 | アクセス制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|---|---|
| JGAD000822 | NGS（Micro-C and Region Capture Micro-C） NGS（CITE-seq and 5' single-cell RNA-seq） NGS（5' and 3' single-cell RNA-seq） NGS（Multimodal assay including single-nucleus ATAC-seq, 3' and 5' single-nucleus RNA-seq, and 5' single-cell RNA-seq） NGS（MAS-seq） NGS（CAGE-seq and NET-CAGE-seq） |
| 制限公開（Type I） | 2024-06-14 | |
| E-GEAD-741 | NGS（Micro-C and Region Capture Micro-C） NGS（CITE-seq and 5' single-cell RNA-seq） NGS（5' and 3' single-cell RNA-seq） NGS（Multimodal assay including single-nucleus ATAC-seq, 3' and 5' single-nucleus RNA-seq, and 5' single-cell RNA-seq） NGS（MAS-seq） NGS（CAGE-seq and NET-CAGE-seq） |
| 非制限公開 | 2024-05-14 | |
| E-GEAD-742 | NGS（Micro-C and Region Capture Micro-C） NGS（CITE-seq and 5' single-cell RNA-seq） NGS（5' and 3' single-cell RNA-seq） NGS（Multimodal assay including single-nucleus ATAC-seq, 3' and 5' single-nucleus RNA-seq, and 5' single-cell RNA-seq） NGS（MAS-seq） NGS（CAGE-seq and NET-CAGE-seq） |
| 非制限公開 | 2024-05-14 | |
| E-GEAD-743 | NGS（Micro-C and Region Capture Micro-C） NGS（CITE-seq and 5' single-cell RNA-seq） NGS（5' and 3' single-cell RNA-seq） NGS（Multimodal assay including single-nucleus ATAC-seq, 3' and 5' single-nucleus RNA-seq, and 5' single-cell RNA-seq） NGS（MAS-seq） NGS（CAGE-seq and NET-CAGE-seq） |
| 非制限公開 | 2024-05-14 | |
| E-GEAD-744 | NGS（Micro-C and Region Capture Micro-C） NGS（CITE-seq and 5' single-cell RNA-seq） NGS（5' and 3' single-cell RNA-seq） NGS（Multimodal assay including single-nucleus ATAC-seq, 3' and 5' single-nucleus RNA-seq, and 5' single-cell RNA-seq） NGS（MAS-seq） NGS（CAGE-seq and NET-CAGE-seq） |
| 非制限公開 | 2024-05-14 | |
| E-GEAD-746 | NGS（Micro-C and Region Capture Micro-C） NGS（CITE-seq and 5' single-cell RNA-seq） NGS（5' and 3' single-cell RNA-seq） NGS（Multimodal assay including single-nucleus ATAC-seq, 3' and 5' single-nucleus RNA-seq, and 5' single-cell RNA-seq） NGS（MAS-seq） NGS（CAGE-seq and NET-CAGE-seq） |
| 非制限公開 | 2024-05-14 | |
| E-GEAD-745 | NGS（Micro-C and Region Capture Micro-C） NGS（CITE-seq and 5' single-cell RNA-seq） NGS（5' and 3' single-cell RNA-seq） NGS（Multimodal assay including single-nucleus ATAC-seq, 3' and 5' single-nucleus RNA-seq, and 5' single-cell RNA-seq） NGS（MAS-seq） NGS（CAGE-seq and NET-CAGE-seq） |
| 非制限公開 | 2024-05-14 | |
| E-GEAD-740 | NGS（Micro-C and Region Capture Micro-C） NGS（CITE-seq and 5' single-cell RNA-seq） NGS（5' and 3' single-cell RNA-seq） NGS（Multimodal assay including single-nucleus ATAC-seq, 3' and 5' single-nucleus RNA-seq, and 5' single-cell RNA-seq） NGS（MAS-seq） NGS（CAGE-seq and NET-CAGE-seq） |
| 非制限公開 | 2024-05-14 | |
| DRA018405 | NGS（CAGE-seq [CRISPR-activated Jurkat cells]） |
| 非制限公開 | 2024-04-30 | |
| E-GEAD-739 | NGS（CAGE-seq [CRISPR-activated Jurkat cells]） |
| 非制限公開 | 2024-05-14 |
提供者
- 研究代表者
- 山本 一彦
- 所属機関
- 理化学研究所 生命医科学研究センター 自己免疫疾患研究チーム
研究プロジェクト情報
研究プロジェクト情報はありません。
助成金情報
| 科研費・助成金名 | 研究課題名 | 研究課題番号 |
|---|---|---|
科学研究費助成事業 基盤研究（S） | 多因子疾患における疾患リスク遺伝子多型を用いた病態解析に関する新しい方法論の確立 |
|
日本医療研究開発機構（AMED） ワクチン開発のための世界トップレベル研究開発拠点の形成事業 | 遺伝的多様性と機能に関するマルチオミックスを中心としたヒト免疫評価法の確立と支援の為のサポート機関 |
|
関連論文
| タイトル | DOI | データセット ID |
|---|---|---|
An atlas of transcribed enhancers across helper T cell diversity for decoding human diseases |
制限公開データの利用者一覧
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