データセット ID
JGAD000822
- データの種類
- NGS（Micro-C and Region Capture Micro-C）
NGS（CITE-seq and 5' single-cell RNA-seq）
NGS（5' and 3' single-cell RNA-seq）
NGS（Multimodal assay including single-nucleus ATAC-seq, 3' and 5' single-nucleus RNA-seq, and 5' single-cell RNA-seq）
NGS（MAS-seq）
NGS（CAGE-seq and NET-CAGE-seq） - アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 17.8 TB
- ファイル形式
- FASTQ
- BAM
- 研究
- hum0350
- 公開日
- 2024-06-14
- 更新日
- 2024-06-14
- DDBJ Search
- JGAD000822 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000689 (新しいタブで開きます)
解析手法
Micro-C + Region Capture Micro-C
- 材料と対象者
- 日本人健常者：3名
CD4陽性T細胞：17検体 - 健康状態健常
- 対象者数20 (混在)
- 対象集団日本人
- 試料説明
- 全血から分離したCD4陽性T細胞から抽出したゲノムDNA
- 組織CD4 陽性 T 細胞
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Micro-C
- 測定対象
- Dovetail Target Enrichment Kit (Cantata Bio, human pan promoter panel)
- 試薬キット
- Dovetail Micro-C Kit
- 断片化
- MNase
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 400 bp
scRNA-seq (5' / 3')
- 材料と対象者
- 日本人健常者：3名
CD4陽性T細胞：20検体 - 健康状態健常
- 対象者数23 (混在)
- 対象集団日本人
- 試料説明
- 全血から単離したCD4陽性T細胞から抽出したpolyA RNA
- 組織CD4 陽性 T 細胞
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- scRNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Chromium Single Cell 3'
Chromium Single Cell 5' - 断片化
- 上記キットに準拠
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 350 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- 解析方法
- Cell Ranger version 5.0.1
snATAC-seq + snRNA-seq (3'/5') + scRNA-seq (5')
- 材料と対象者
- 日本人健常者：3名
CD4陽性T細胞：9検体 - 健康状態健常
- 対象者数12 (混在)
- 対象集団日本人
- 試料説明
- 全血から分離したCD4陽性T細胞から抽出したpolyA RNAとゲノムDNA
- 組織CD4 陽性 T 細胞
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- scATAC-seq
scRNA-seq - 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Chromium Next GEM Single Cell Multiome ATAC + Gene Expression
Chromium Single Cell 5' - 断片化
- 上記キット、プロトコルに準拠
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 300 bp
350 bp - 参照ゲノム
- GRCh38
- 解析方法
- Cell Ranger version 5.0.1
CAGE-seq + NET-CAGE-seq
- 材料と対象者
- 日本人健常者：2名
CD4陽性T細胞：6検体 - 健康状態健常
- 対象者数8 (混在)
- 対象集団日本人
- 試料説明
- 全血から分離したCD4陽性T細胞から抽出したtotal RNAと核RNA
- 組織CD4 陽性 T 細胞
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- CAGE-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- CAGE Preparation Kit
- 断片化
- N/A
- プラットフォーム
- Illumina NextSeq 500
- リードタイプ
- シングルエンド
- リード長
- N/A
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- STAR version 2.7.10b
MAS-seq
- 材料と対象者
- 日本人健常者：1名
CD4陽性T細胞：2検体 - 健康状態健常
- 対象者数3 (混在)
- 対象集団日本人
- 試料説明
- 全血から分離したCD4陽性T細胞から抽出したpolyA RNA
- 組織CD4 陽性 T 細胞
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- scRNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- MAS-Seq for 10x Single Cell 3'
- 断片化
- N/A
- プラットフォーム
- PacBio Sequel II
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- N/A
- 参照ゲノム
- GRCh38
- 解析方法
- CCS software version 6.3.0、SMRT Link version 12、Stringtie2 version 2.2.1
CITE-seq + scRNA-seq (5')
- 材料と対象者
- 日本人健常者：3名
CD4陽性T細胞：8検体 - 健康状態健常
- 対象者数11 (混在)
- 対象集団日本人
- 試料説明
- 全血から分離したCD4陽性T細胞から抽出した細胞表面タンパク質とpolyA RNA
- 組織CD4 陽性 T 細胞
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- CITE-seq
scRNA-seq - 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Chromium Next GEM Single Cell 5' v2
- 断片化
- 上記キットに準拠
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 73 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- 解析方法
- Cell Ranger version 5.0.1