データセット ID
E-GEAD-743
- データの種類
- NGS（Micro-C and Region Capture Micro-C）
NGS（CITE-seq and 5' single-cell RNA-seq）
NGS（5' and 3' single-cell RNA-seq）
NGS（Multimodal assay including single-nucleus ATAC-seq, 3' and 5' single-nucleus RNA-seq, and 5' single-cell RNA-seq）
NGS（MAS-seq）
NGS（CAGE-seq and NET-CAGE-seq） - アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 7.3 GB
- ファイル形式
- TXT
- TAR
- 研究
- hum0350
- 公開日
- 2024-05-14
- 更新日
- 2024-06-29
- DDBJ Search
- E-GEAD-743 (新しいタブで開きます)
解析手法
snATAC-seq + snRNA-seq (3'/5') + scRNA-seq (5')
- 材料と対象者
- 日本人健常者：3名
CD4陽性T細胞：9検体 - 健康状態健常
- 対象者数3 (人数)
- 対象集団日本人
- 試料説明
- 全血から分離したCD4陽性T細胞から抽出したpolyA RNAとゲノムDNA
- 組織CD4 陽性 T 細胞、末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- scATAC-seq
scRNA-seq - 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Chromium Next GEM Single Cell Multiome ATAC + Gene Expression
Chromium Single Cell 5' - 断片化
- 上記キット、プロトコルに準拠
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 300 bp
350 bp - 参照ゲノム
- GRCh38
- 解析方法
- Cell Ranger version 5.0.1