データセット ID

E-GEAD-741

Name: E-GEAD-741: NGS（Micro-C and Region Capture Micro-C）、NGS（CITE-seq and 5' single-cell RNA-seq）、NGS（5' and 3' single-cell RNA-seq）、NGS（Multimodal assay including single-nucleus ATAC-seq, 3' and 5' single-nucleus RNA-seq, and 5' single-cell RNA-seq）、NGS（MAS-seq）、NGS（CAGE-seq and NET-CAGE-seq）
Published: 2024-05-14

データの種類: NGS（Micro-C and Region Capture Micro-C）
NGS（CITE-seq and 5' single-cell RNA-seq）
NGS（5' and 3' single-cell RNA-seq）
NGS（Multimodal assay including single-nucleus ATAC-seq, 3' and 5' single-nucleus RNA-seq, and 5' single-cell RNA-seq）
NGS（MAS-seq）
NGS（CAGE-seq and NET-CAGE-seq）
アクセス制限: 非制限公開
総データ量: 4.9 GB
ファイル形式: TXT
TAR
研究: hum0350
公開日: 2024-05-14
更新日: 2024-06-24
DDBJ Search: E-GEAD-741 (新しいタブで開きます)

解析手法

scRNA-seq (5' / 3')

材料と対象者: 日本人健常者：3名
CD4陽性T細胞：20検体; 健康状態
健常
対象者数
3 (人数)
対象集団
日本人
試料説明: 全血から単離したCD4陽性T細胞から抽出したpolyA RNA; 組織
CD4 陽性 T 細胞、末梢血
腫瘍 / 非腫瘍
非腫瘍
試料の入手元: N/A
実験方法: scRNA-seq
測定対象: N/A
試薬キット: Chromium Next GEM Single Cell 3' v3.1
Chromium Single Cell 5'
断片化: 上記キットに準拠
プラットフォーム: Illumina NovaSeq 6000
リードタイプ: ペアエンド
リード長: 350 bp
参照ゲノム: GRCh38
解析方法: Cell Ranger version 5.0.1
利用ポリシー: NBDC データ共有ポリシー (JGAP000001)