データセット ID

E-GEAD-740

Name: E-GEAD-740: NGS（Micro-C and Region Capture Micro-C）、NGS（CITE-seq and 5' single-cell RNA-seq）、NGS（5' and 3' single-cell RNA-seq）、NGS（Multimodal assay including single-nucleus ATAC-seq, 3' and 5' single-nucleus RNA-seq, and 5' single-cell RNA-seq）、NGS（MAS-seq）、NGS（CAGE-seq and NET-CAGE-seq）
Published: 2024-05-14

データの種類: NGS（Micro-C and Region Capture Micro-C）
NGS（CITE-seq and 5' single-cell RNA-seq）
NGS（5' and 3' single-cell RNA-seq）
NGS（Multimodal assay including single-nucleus ATAC-seq, 3' and 5' single-nucleus RNA-seq, and 5' single-cell RNA-seq）
NGS（MAS-seq）
NGS（CAGE-seq and NET-CAGE-seq）
アクセス制限: 非制限公開
総データ量: 3.7 GB
ファイル形式: BED
TXT
TAR
研究: hum0350
公開日: 2024-05-14
更新日: 2024-06-29
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解析手法

CITE-seq + scRNA-seq (5')

材料と対象者: 日本人健常者：3名
CD4陽性T細胞：8検体; 健康状態
健常
対象者数
3 (混在)
対象集団
日本人
試料説明: 全血から分離したCD4陽性T細胞から抽出した細胞表面タンパク質とpolyA RNA; 組織
CD4 陽性 T 細胞、末梢血
腫瘍 / 非腫瘍
非腫瘍
試料の入手元: N/A
実験方法: CITE-seq
scRNA-seq
測定対象: N/A
試薬キット: Chromium Single Cell 5' Feature Barcode Library Kit
断片化: 上記キットに準拠
プラットフォーム: Illumina NovaSeq 6000
リードタイプ: ペアエンド
リード長: 73 bp
参照ゲノム: GRCh38
解析方法: Cell Ranger version 5.0.1
利用ポリシー: NBDC データ共有ポリシー (JGAP000001)