研究 ID
hum0257-v3リリース情報
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研究題目
ヒト膵・胆道由来微量検体を用いた培養増幅法の研究開発
研究概要
- 目的
- 癌の培養細胞株は、その再現性・簡便さから癌研究の中心を担ってきた。しかしながら、同じ癌種であっても腫瘍を構成する癌細胞は個人ごとに異なり、かつgeneticにもepigeneticにも不均一な細胞集団から構成されることが明らかとなってきた。培養細胞株は樹立の過程で培養条件に適した細胞が選択されるため、原発巣の腫瘍細胞の不均一性を正確に反映しない可能性が指摘されている。
本研究では、生検・細胞診にて採取された微量腫瘍組織を用いてオルガノイドを樹立し、個々の患者ごとの腫瘍組織を用いた様々な解析が可能となるよう増幅・培養を行う。これを用いた解析結果と、臨床病理学的因子と合わせて比較検討することにより、個々の腫瘍に対する有効な治療法・新規の薬剤同定に結びつく知見を得ることを目的とする。 - 研究方法
- ・膵管がん17症例、膵管内乳頭粘液性腫瘍（IPMN）6症例の膵腫瘍組織から樹立したオルガノイドのWhole Exome sequencing、RNA sequencing、ATAC sequencing、ChIP sequencing、およびHi-C解析
・膵がん11症例、IPMN由来の膵がん2症例、IPMN3症例、ならびに非腫瘍性疾患1症例それぞれから樹立したオルガノイドを対象としたLong read RNA-seq解析データ - 対象
- 膵管がん、IPMN、膵がん、IPMN由来の膵がん、非腫瘍性疾患
- URL
- N/A
データセット
| カート | データセット ID | データの種類 | プラットフォーム | アクセス制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|---|---|
| JGAD000366 | NGS（Exome、RNA-seq） |
| 制限公開（Type I） | 2021-12-27 | |
| E-GEAD-414 | NGS（RNA-seq） |
| 非制限公開 | 2021-12-27 | |
| JGAD000367 | NGS（ATAC-seq、ChIP-seq） |
| 制限公開（Type I） | 2021-12-24 | |
| E-GEAD-416 | NGS（ATAC-seq） |
| 非制限公開 | 2021-12-27 | |
| E-GEAD-417 | NGS（ChIP-seq） |
| 非制限公開 | 2021-12-27 | |
| JGAD000365 | NGS（Hi-C） |
| 制限公開（Type I） | 2021-12-24 | |
| E-GEAD-415 | NGS（Hi-C） |
| 非制限公開 | 2021-12-27 | |
| JGAD000633 | NGS（RNA-seq、ChIP-seq、Hi-C） |
| 制限公開（Type I） | 2023-01-05 | |
| JGAD001103 | NGS（RNA-seq） |
| 制限公開（Type I） | 2026-11-05 |
提供者
- 研究代表者
- 立石 敬介
- 所属機関
- 東京大学医学部 消化器内科
研究プロジェクト情報
研究プロジェクト情報はありません。
助成金情報
| 科研費・助成金名 | 研究課題名 | 研究課題番号 |
|---|---|---|
科学研究費助成事業 基盤研究（C） | 膵癌の包括的理解を目指した細胞間ネットワーク解析 |
|
科学研究費助成事業 基盤研究（C） | クロマチン動態に基づいた膵癌の治療層別化・最適化 |
|
関連論文
| タイトル | DOI | データセット ID |
|---|---|---|
MNX1-HNF1B axis is indispensable for intraductal papillary mucinous neoplasm lineages | ||
HNF1B-driven three-dimensional chromatin structure for molecular classification in pancreatic cancers |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | データ利用期間 | データセット ID |
|---|---|---|---|---|---|
| 浜田 道昭 | 浜田研究室, 理工学術院, 早稲田大学 | 日本 | RNA標的創薬データベースの構築 | 2023-01-05 – 2027-10-31 | |
| 山本 拓也 | プレシジョン免疫プロジェクト, 国立研究開発法人 医薬基盤・健康・栄養研究所 | 日本 | 新規がん抗原の同定に基づく消化器がんおよび悪性黒色腫（メラノーマ）に対するワクチン開発基盤研究 | 2024-11-12 – 2027-03-31 |