データセット ID
JGAD000633
- データの種類
- NGS（RNA-seq、ChIP-seq、Hi-C）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 618 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- BED
- narrowPeak
- bigWig
- HIC
- TXT
- 研究
- hum0257
- 公開日
- 2023-01-05
- 更新日
- 2023-01-05
- DDBJ Search
- JGAD000633 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000514 (新しいタブで開きます)
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
- 膵管がん（ICD10：C25.3）：10症例
1症例の腫瘍組織由来オルガノイド：4検体（HNF1B過剰発現2検体、コントロール2検体） - 健康状態罹患
- 対象者数15 (人数)
- 疾患
- 膵管がん (C253)
- 試料説明
- 膵腫瘍組織から樹立したオルガノイドより抽出したRNA
- 組織オルガノイド
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq RNA Library Prep Kit
TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit - 断片化
- 熱処理
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
Illumina NovaSeq 6000 - リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp
150 bp
ChIP-seq
- 材料と対象者
- 膵管がん（ICD10：C25.3）：2症例
【JGAD000633/GSE202023】腫瘍組織由来オルガノイド：6検体（HNF1B過剰発現有無、抗CTCF抗体、抗H3K27Ac抗体、もしくは抗HNF1B抗体による免疫沈降） - 健康状態罹患
- 対象者数2 (人数)
- 疾患
- 膵管がん (C253)
- 試料説明
- 膵腫瘍組織から樹立したオルガノイドより抽出したクロマチン免疫沈降DNA
- 組織オルガノイド
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- ChIP-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Illumina Tagment DNA TDE1 Enzyme and Buffer Kits
- 断片化
- 超音波断片化（Bioruptor UCD-250）
- プラットフォーム
- Illumina NextSeq 500
- リードタイプ
- シングルエンド
- リード長
- 75 bp
- Gene Expression Omnibus Accession
- GSE202023
Hi-C
- 材料と対象者
- 膵管がん（ICD10：C25.3）：2症例
各条件につきduplicate：8検体
- 1症例の腫瘍組織由来オルガノイド：HNF1B過剰発現有無
- IPMN由来膵管がん1症例のオルガノイド：HNF1Bノックダウン有無 - 健康状態罹患
- 対象者数2 (人数)
- 疾患
- 膵管がん (C253)
- 試料説明
- 膵腫瘍組織から樹立したオルガノイドより抽出したクロスリンク済みDNA
- 組織オルガノイド
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Hi-C
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Arima Hi-C Kit
- 断片化
- 酵素反応
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp