データセット ID
JGAD000366
- データの種類
- NGS（Exome、RNA-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 198 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- VCF
- TXT
- 研究
- hum0257
- 公開日
- 2021-12-27
- 更新日
- 2022-12-28
- DDBJ Search
- JGAD000366 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000263 (新しいタブで開きます)
解析手法
WES
- 材料と対象者
- 膵管がん（ICD10：C25.3）：10症例
- 腫瘍組織由来オルガノイド：10検体
膵管内乳頭粘液性腫瘍（ICD10：D13.6）：3症例
- 腫瘍組織由来オルガノイド：3検体 - 健康状態罹患
- 対象者数13 (人数)
- 疾患
- 膵管がん (C253)
膵管内乳頭粘液性腫瘍 (D136) - 試料説明
- 膵腫瘍組織から樹立したオルガノイドより抽出したDNA
- 組織オルガノイド
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WES
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SureSelect Human All Exon V6
- 断片化
- 超音波断片化
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp
150 bp
RNA-seq
- 材料と対象者
- 膵管がん（ICD10：C25.3）：10症例
【JGAD000366/E-GEAD-414】腫瘍組織由来オルガノイド：22検体
膵管内乳頭粘液性腫瘍（ICD10：D13.6）：5症例
【JGAD000366/E-GEAD-414】腫瘍組織由来オルガノイド：4検体、傍腫瘍組織由来オルガノイド1検体 - 健康状態罹患
- 対象者数15 (人数)
- 疾患
- 膵管がん (C253)
膵管内乳頭粘液性腫瘍 (D136) - 試料説明
- 膵腫瘍組織から樹立したオルガノイドより抽出したRNA
- 組織オルガノイド
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq RNA Library Prep Kit
TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit - 断片化
- 熱処理
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
Illumina NovaSeq 6000 - リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp
150 bp