データセット ID
JGAD000367
- データの種類
- NGS（ATAC-seq、ChIP-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 132 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- narrowPeak
- bigWig
- TXT
- 研究
- hum0257
- 公開日
- 2021-12-24
- 更新日
- 2023-01-04
- DDBJ Search
- JGAD000367 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000264 (新しいタブで開きます)
解析手法
ATAC-seq
- 材料と対象者
- 膵管がん（ICD10：C25.3）：17症例
- 腫瘍組織由来オルガノイド：20検体
膵管内乳頭粘液性腫瘍（ICD10：D13.6）：6症例
- 腫瘍組織由来オルガノイド：4検体、傍腫瘍組織由来オルガノイド：2検体 - 健康状態罹患
- 対象者数23 (人数)
- 疾患
- 膵管がん (C253)
膵管内乳頭粘液性腫瘍 (D136) - 試料説明
- 膵腫瘍組織から樹立したオルガノイドより抽出したDNA
- 組織オルガノイド
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- ATAC-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Illumina Tagment DNA TDE1 Enzyme and Buffer Kits
- 断片化
- N/A
- プラットフォーム
- Illumina NextSeq 500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- read1: 50 bp
read2: 25 bp
ChIP-seq
- 材料と対象者
- 膵管がん（ICD10：C25.3）：2症例
【JGAD000367/E-GEAD-417】腫瘍組織由来オルガノイド：4検体（ChIP2検体＋Input2検体） - 健康状態罹患
- 対象者数2 (人数)
- 疾患
- 膵管がん (C253)
- 試料説明
- 膵腫瘍組織から樹立したオルガノイドより抽出したクロマチン免疫沈降DNA
- 組織オルガノイド
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- ChIP-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Illumina Tagment DNA TDE1 Enzyme and Buffer Kits
- 断片化
- 超音波断片化（Bioruptor UCD-250）
- プラットフォーム
- Illumina NextSeq 500
- リードタイプ
- シングルエンド
- リード長
- 75 bp
- Gene Expression Omnibus Accession
- GSE202023