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NBDC ヒトデータベース

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研究 ID

hum0200-v7リリース情報

最新

研究題目

乳腺腫瘍の表現型にかかわる体細胞変異および遺伝子発現異常の解析

研究概要

目的
非浸潤性乳管がんの分子生物学的背景に基づいたリスク層別化因子の探索、および浸潤性乳管がんの転移過程の解析
研究方法
臨床的リスク因子に基づいて非浸潤性乳管がん症例、および浸潤性乳管がんを選択し、網羅的遺伝子解析によりリスク因子との関連を検討する。
・浸潤性乳管がん：target capture sequencing（TC）解析、メチル化解析、空間トランスクリプトーム解析、single cell RNA sequencing（scRNA-seq）解析、semibulk RNA-seq解析、whole genome sequencing（WGS）解析、Enzymatic Methyl-seq（EM-seq）解析、targeted long-read methylation sequencing（t-nanoEM）解析を実施した。
・非浸潤性乳がん：target capture sequencing（TC）解析、メチル化解析、空間トランスクリプトーム解析、single cell RNA sequencing（scRNA-seq）解析、semibulk RNA-seq解析、whole exome sequencing（Exome）解析、single cell copy number variant（scCNV）解析、whole genome sequencing（WGS）解析を実施した。
対象
ヒト非浸潤性乳管がん、浸潤性乳管がん
URL
N/A

データセット

カートデータセット IDデータの種類解析手法アクセス制限公開日
JGAD000287NGS（Exome）
シングルセルCNV解析
  • WES
  • Single-cell CNV
制限公開（Type I）2021-04-02
JGAD000368NGS（WGS）
メチル化解析
  • WGS
  • メチル化解析
制限公開（Type I）2021-04-26
JGAD000307NGS（Target Capture）
NGS（Visium Spatial Gene Expression）、病理画像
  • Targeted DNA sequencing
制限公開（Type I）2021-04-02
JGAD000308NGS（Target Capture）
NGS（Visium Spatial Gene Expression）、病理画像
  • Visium 空間トランスクリプトーム + 病理画像
制限公開（Type I）2021-04-02
JGAD000396NGS（Visium Spatial Gene Expression）、病理画像
  • Visium 空間トランスクリプトーム + 病理画像
制限公開（Type I）2022-03-10
JGAD000502NGS（semibulk RNA-seq）
NGS（scRNA-seq）
  • semibulk RNA-seq
  • scRNA-seq
制限公開（Type I）2022-08-23
JGAD000899NGS（WGS、RNA-seq、EM-seq、t-nanoEM）
  • WGS
  • RNA-seq
  • EM-seq
  • t-nanoEM (Nanopore methylation)
制限公開（Type I）2024-11-26
JGAD000946NGS（WGS、RNA-seq、EM-seq）
Xenium In Situ Gene Expression
  • WGS
  • RNA-seq
  • EM-seq
  • Xenium 空間トランスクリプトーム
制限公開（Type I）2026-02-05

提供者

研究代表者
永澤 慧
所属機関
聖マリアンナ医科大学 外科学 乳腺・内分泌外科

研究プロジェクト情報

研究プロジェクト情報はありません。

助成金情報

科研費・助成金名研究課題名研究課題番号
科学研究費助成事業 新学術領域研究（研究領域提案型）
先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム
  • 16H06279
日本学術振興会藤田記念医学研究振興基金
乳房非浸潤性乳管癌（DCIS）の治療最適化に向けた新規再発リスク因子の検討
N/A

関連論文

タイトルDOIデータセット ID
Efficient prediction of a spatial transcriptomics profile better characterizes breast cancer tissue sections without costly experimentation
https://doi.org/10.1038/s41598-022-07685-4 (新しいタブで開きます)
Semibulk RNA-seq analysis as a convenient method for measuring gene expression statuses in a local cellular environment
https://doi.org/10.1038/s41598-022-19391-2 (新しいタブで開きます)

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