2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
- 公開日
- 2026-02-05
- 更新日
- 2026-02-05
- 研究
- hum0200
- データの種類
- NGS(WGS, RNA-seq, EM-seq) Xenium In Situ Gene Expression
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- JGA Study
- JGAS000804
解析手法
WGS
- 材料と対象者
浸潤性乳管がん(ICD10: C509): 1症例 【JGAS000758】腫瘍組織1検体からマイクロダイセクションされた4領域の組織(腫瘍組織: 2検体※、非腫瘍組織: 2検体※) ※EM-seq・t-nanoEMと同じ組織由来 【JGAS000804】非腫瘍組織(正常乳腺): 1検体
- 実験方法
WGS
- プラットフォーム
Illumina [NovaSeq 6000]
- 試料説明
腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
- ライブラリ構築
NEBNext Enzymatic Methyl-seq Kit without procedures for base conversion.
- 断片化
超音波断片化(Covaris)
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
300 bp
- JGAデータセットAccession
JGAD000946(正常乳腺)
- 総データ量
JGAD000899: 774.0 GB(fastq) JGAD000946: 196.2 GB(fastq)
- 利用ポリシー
RNA-seq
- 材料と対象者
浸潤性乳管がん(ICD10: C509): 1症例 【JGAS000758】腫瘍組織1検体からマイクロダイセクションされた4領域の組織(腫瘍組織: 2検体、非腫瘍組織: 2検体) 【JGAS000804】非腫瘍組織(正常乳腺): 1検体
- 実験方法
RNA-seq
- プラットフォーム
Illumina [NovaSeq 6000]
- 試料説明
腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したRNA
- ライブラリ構築
SMART-seq Stranded Kit
- 断片化
熱処理(Shearing Master Mix)
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
300 bp
- JGAデータセットAccession
JGAD000946(正常乳腺)
- 総データ量
JGAD000899: 774.0 GB(fastq) JGAD000946: 196.2 GB(fastq)
- 利用ポリシー
EM-seq
- 材料と対象者
浸潤性乳管がん(ICD10: C509): 1症例 【JGAS000758】腫瘍組織1検体からマイクロダイセクションされた4領域の組織(腫瘍組織: 2検体※、非腫瘍組織: 2検体※) ※WGS(JGAS000758)・t-nanoEMと同じ組織由来 【JGAS000804】非腫瘍組織(正常乳腺): 1検体
- 実験方法
EM-seq
- プラットフォーム
Illumina [NovaSeq 6000]
- 試料説明
腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
- ライブラリ構築
NEBNext Enzymatic Methyl-seq Kit
- 断片化
超音波断片化(Covaris)
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
300 bp
- JGAデータセットAccession
JGAD000946(正常乳腺)
- 総データ量
JGAD000899: 774.0 GB(fastq) JGAD000946: 196.2 GB(fastq)
- 利用ポリシー
Xenium 空間トランスクリプトーム
- 材料と対象者
浸潤性乳管がん(ICD10: C509): 1症例 腫瘍組織: 3検体(原発腫瘍組織、転移リンパ節、腫瘍所属リンパ節を同一スライドに設置)
- 実験方法
Xenium In Situ Gene Expression
- ターゲット
379遺伝子(Human Breast panel: 280遺伝子、カスタム: 99遺伝子)
- プラットフォーム
10x Genomics [Xenium]
- 試料説明
腫瘍組織(FFPE切片)
- 試薬
Xenium Slides & Sample Prep Reagents Xenium Decoding Reagents Xenium Decoding Consumables
- 解析方法
xenium-1.7.1.0
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
196.2 GB(csv、h5、html、json、mtx、tiff、parquet、tsv、xenium、zarr)
- 利用ポリシー