データセット ID
JGAD000946
- データの種類
- NGS（WGS、RNA-seq、EM-seq）
Xenium In Situ Gene Expression - アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 196 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- TAR
- 研究
- hum0200
- 公開日
- 2026-02-05
- 更新日
- 2026-02-05
- DDBJ Search
- JGAD000946 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000804 (新しいタブで開きます)
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| gene_ | 379遺伝子 | 188 KB |
解析手法
WGS
- 材料と対象者
- 浸潤性乳管がん（ICD10：C509）：1症例
非腫瘍組織（正常乳腺）：1検体 - 健康状態罹患
- 対象者数1 (人数)
- 疾患
- 浸潤性乳管がん
- 試料説明
- 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
- 組織乳房
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WGS
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- NEBNext Enzymatic Methyl-seq Kit
- 断片化
- 超音波断片化（Covaris）
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 300 bp
RNA-seq
- 材料と対象者
- 浸潤性乳管がん（ICD10：C509）：1症例
非腫瘍組織（正常乳腺）：1検体 - 健康状態罹患
- 対象者数1 (人数)
- 疾患
- 浸潤性乳管がん
- 試料説明
- 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したRNA
- 組織乳房
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SMART-Seq Stranded Kit
- 断片化
- 熱処理（Shearing Master Mix）
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 300 bp
EM-seq
- 材料と対象者
- 浸潤性乳管がん（ICD10：C509）：1症例
非腫瘍組織（正常乳腺）：1検体 - 健康状態罹患
- 対象者数1 (人数)
- 疾患
- 浸潤性乳管がん
- 試料説明
- 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
- 組織乳房
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- EM-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- NEBNext Enzymatic Methyl-seq Kit
- 断片化
- 超音波断片化（Covaris）
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 300 bp
Xenium 空間トランスクリプトーム
- 材料と対象者
- 浸潤性乳管がん（ICD10：C509）：1症例
腫瘍組織：3検体（原発腫瘍組織、転移リンパ節、腫瘍所属リンパ節を同一スライドに設置） - 健康状態罹患
- 対象者数1 (人数)
- 疾患
- 浸潤性乳管がん
- 試料説明
- 腫瘍組織（FFPE切片）
- 組織乳房、リンパ節
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Spatial transcriptomics
- 測定対象
- 379遺伝子（Human Breast panel：280遺伝子、カスタム：99遺伝子）
- プラットフォーム
- 10x Genomics Xenium Analyzer
- 解析方法
- xenium-1.7.1.0