データセット ID
JGAD000287
- データの種類
- NGS（Exome）
シングルセルCNV解析 - アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 832 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- BAM
- 研究
- hum0200
- 公開日
- 2021-04-02
- 更新日
- 2021-04-02
- DDBJ Search
- JGAD000287 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000202 (新しいタブで開きます)
解析手法
WES
- 材料と対象者
- 非浸潤性乳管がん（ICD10：D051）：24症例
腫瘍組織：28検体
非腫瘍組織：24検体 - 健康状態罹患
- 対象者数24 (人数)
- 疾患
- 非浸潤性乳管がん
- 試料説明
- 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WES
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SureSelect Human All Exon V7
- 断片化
- 超音波断片化（Covaris）
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 3000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 200 bp
Single-cell CNV
- 材料と対象者
- 非浸潤性乳管がん（ICD10：D051）：3症例
腫瘍組織：3検体 - 健康状態罹患
- 対象者数3 (人数)
- 疾患
- 非浸潤性乳管がん
- 試料説明
- 腫瘍組織から調整した細胞
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- scDNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Chromium Single Cell DNA Reagent Kit
- プラットフォーム
- 10x Genomics Chromium
- 参照ゲノム
- GRCh38
- QC・フィルタリング
- cellranger-dna-1.1.0
- 解析方法
- cellranger-dna-1.1.0 (refdata-GRCh38-1.0.0.)
- バリアント数
- N/A