2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
JGAD000287
- 公開日
- 2021-04-02
- 更新日
- 2024-11-25
- 研究
- hum0200
- データの種類
- NGS(Exome) シングルセルCNV解析
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- JGA Study
- JGAS000202
解析手法
WES
- 材料と対象者
非浸潤性乳管がん(ICD10: D051): 24症例 腫瘍組織: 28検体 非腫瘍組織: 24検体
- 実験方法
Exome
- プラットフォーム
Illumina [HiSeq 3000]
- 試料説明
腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
- ライブラリ構築
SureSelect Human All Exon V7
- 断片化
超音波断片化(Covaris)
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
200 bp
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
775 GB(fastq)
- 利用ポリシー
Single-cell CNV
- 材料と対象者
非浸潤性乳管がん(ICD10: D051): 3症例 腫瘍組織: 3検体
- 実験方法
single-cell CNV
- プラットフォーム
10x Genomics [Chromium Controller]
- 試料説明
腫瘍組織から調整した細胞
- 試薬
Chromium Single-Cell DNA Reagent Kit
- 解析方法
cellranger-dna-1.1.0 (refdata-GRCh38-1.0.0.)
- フィルタリング
cellranger-dna-1.1.0
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
775 GB(fastq)
- 利用ポリシー