2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
- 公開日
- 2022-08-23
- 更新日
- 2024-11-25
- 研究
- hum0200
- データの種類
- NGS(semibulk RNA-seq) NGS(scRNA-seq)
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- JGA Study
- JGAS000387
解析手法
semibulk RNA-seq
- 材料と対象者
浸潤性乳管がん(ICD10: C509): 1症例 腫瘍組織: 1検体(同一検体から2個のライブラリを作成) 非浸潤性乳管がん(ICD10: D051): 1症例 腫瘍組織: 1検体(同一検体から10個のライブラリを作成)
- 実験方法
semibulk RNA-seq
- プラットフォーム
Illumina [HiSeq 3000、NovaSeq 6000]
- 試料説明
腫瘍組織から調製したセミバルク(細胞塊)
- ライブラリ構築
Drop-Seq Laboratory Protocol, version 3.1
- 断片化
Nextera XT(Illumina)によるタグメンテーション
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
200 bp (100PE)
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
272.4 GB(fastq)
- 利用ポリシー
scRNA-seq
- 材料と対象者
浸潤性乳管がん(ICD10: C509): 1症例 腫瘍組織、非腫瘍組織: 各1検体 非浸潤性乳管がん(ICD10: D051): 1症例 腫瘍組織、非腫瘍組織: 各1検体
- 実験方法
scRNA-seq
- プラットフォーム
Illumina [HiSeq 3000]
- 試料説明
腫瘍組織および非腫瘍組織から調製した細胞
- ライブラリ構築
Chromium single cell 3' kit version 3 (10x Genomics)
- 断片化
酵素反応
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
124 bp (26/98PE)
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
272.4 GB(fastq)
- 利用ポリシー