データセット ID
JGAD000502
- データの種類
- NGS（semibulk RNA-seq）
NGS（scRNA-seq） - アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 272 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0200
- 公開日
- 2022-08-23
- 更新日
- 2022-08-23
- DDBJ Search
- JGAD000502 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000387 (新しいタブで開きます)
解析手法
semibulk RNA-seq
- 材料と対象者
- 浸潤性乳管がん（ICD10：C509）：1症例
腫瘍組織：1検体（同一検体から2個のライブラリを作成）
非浸潤性乳管がん（ICD10：D051）：1症例
腫瘍組織：1検体（同一検体から10個のライブラリを作成） - 健康状態罹患
- 対象者数2 (人数)
- 疾患
- 浸潤性乳管がん
- 非浸潤性乳管がん
- 試料説明
- 腫瘍組織から調製したセミバルク（細胞塊）
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Drop-seq
- 断片化
- Nextera XT（Illumina）によるタグメンテーション
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 3000
Illumina NovaSeq 6000 - リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 200 bp (100PE)
scRNA-seq
- 材料と対象者
- 浸潤性乳管がん（ICD10：C509）：1症例
腫瘍組織、非腫瘍組織：各1検体
非浸潤性乳管がん（ICD10：D051）：1症例
腫瘍組織、非腫瘍組織：各1検体 - 健康状態罹患
- 対象者数2 (人数)
- 疾患
- 浸潤性乳管がん
- 非浸潤性乳管がん
- 試料説明
- 腫瘍組織および非腫瘍組織から調製した細胞
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- scRNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Chromium Single Cell 3' v3
- 断片化
- 酵素反応
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 3000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 124 bp (26/98PE)