2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
- 公開日
- 2021-04-26
- 更新日
- 2024-11-25
- 研究
- hum0200
- データの種類
- NGS(WGS) メチル化解析
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- JGA Study
- JGAS000265
解析手法
WGS
- 材料と対象者
非浸潤性乳管がん(ICD10: D051): 2症例 腫瘍組織: 2検体 非腫瘍組織: 2検体
- 実験方法
WGS
- プラットフォーム
Illumina [NovaSeq 6000] Nanopore [PromethION]
- 試料説明
腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
- ライブラリ構築
Illumina: TruSeq DNA Nano Nanopore: SQK_LSK109
- 断片化
Illumina: 超音波断片化(Covaris M220) Nanopore: -
- リードタイプ
Illumina: Paired-end Nanopore: Single-end
- リード長
Illumina: 300 bp Nanopore: -
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
873 GB(fastq)
- 利用ポリシー
メチル化解析
- 材料と対象者
非浸潤性乳管がん(ICD10: D051): 1症例 浸潤性乳管がん(ICD10: C509): 2症例 腫瘍組織: 4検体 非腫瘍組織: 3検体
- 実験方法
メチル化解析
- プラットフォーム
Nanopore [PromethION]
- 試料説明
腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
- 試薬
SQK_LSK109
- 解析方法
Nanopolish
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
873 GB(fastq、tsv [ref: GRCh38.p12])
- 利用ポリシー