データセット ID
JGAD000368
- データの種類
- NGS（WGS）
メチル化解析 - アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 937 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- TSV
- 研究
- hum0200
- 公開日
- 2021-04-26
- 更新日
- 2021-04-26
- DDBJ Search
- JGAD000368 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000265 (新しいタブで開きます)
解析手法
WGS
- 材料と対象者
- 非浸潤性乳管がん（ICD10：D051）：2症例
腫瘍組織：2検体
非腫瘍組織：2検体 - 健康状態罹患
- 対象者数2 (人数)
- 疾患
- 非浸潤性乳管がん
- 試料説明
- 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
- 組織乳房
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WGS
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Ligation Sequencing Kit (SQK-LSK109)
TruSeq Nano DNA Library Prep Kit - 断片化
- Illumina：超音波断片化（Covaris M220）
Nanopore：- - プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
Oxford Nanopore Technologies PromethION - リードタイプ
- 混在
- リード長
- Illumina: 300 bp
メチル化解析
- 材料と対象者
- 非浸潤性乳管がん（ICD10：D051）：1症例
浸潤性乳管がん（ICD10：C509）：2症例
腫瘍組織：4検体
非腫瘍組織：3検体 - 健康状態罹患
- 対象者数3 (人数)
- 疾患
- 非浸潤性乳管がん
- 浸潤性乳管がん
- 試料説明
- 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
- 組織乳房
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Methylation analysis
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Ligation Sequencing Kit (SQK-LSK109)
- プラットフォーム
- Oxford Nanopore Technologies PromethION
- 参照ゲノム
- GRCh38
- 解析方法
- Nanopolish
- 加工データの種類
- DNA メチル化データ