データセット ID
JGAD000899
- データの種類
- NGS（WGS、RNA-seq、EM-seq、t-nanoEM）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 774 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0200
- 公開日
- 2024-11-26
- 更新日
- 2024-11-26
- DDBJ Search
- JGAD000899 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000758 (新しいタブで開きます)
解析手法
WGS
- 材料と対象者
- 浸潤性乳管がん（ICD10：C509）：1症例
腫瘍組織1検体からマイクロダイセクションされた4領域の組織（腫瘍組織：2検体※、非腫瘍組織：2検体※）
※EM-seq・t-nanoEMと同じ組織由来 - 健康状態罹患
- 対象者数1 (人数)
- 疾患
- 浸潤性乳管がん
- 試料説明
- 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
- 組織乳房
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WGS
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- NEBNext Enzymatic Methyl-seq Kit
- 断片化
- 超音波断片化（Covaris）
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 300 bp
RNA-seq
- 材料と対象者
- 浸潤性乳管がん（ICD10：C509）：1症例
腫瘍組織1検体からマイクロダイセクションされた4領域の組織（腫瘍組織：2検体、非腫瘍組織：2検体） - 健康状態罹患
- 対象者数1 (人数)
- 疾患
- 浸潤性乳管がん
- 試料説明
- 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したRNA
- 組織乳房
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SMART-Seq Stranded Kit
- 断片化
- 熱処理（Shearing Master Mix）
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 300 bp
EM-seq
- 材料と対象者
- 浸潤性乳管がん（ICD10：C509）：1症例
腫瘍組織1検体からマイクロダイセクションされた4領域の組織（腫瘍組織：2検体※、非腫瘍組織：2検体※）
※WGS（JGAS000758）・t-nanoEMと同じ組織由来 - 健康状態罹患
- 対象者数1 (人数)
- 疾患
- 浸潤性乳管がん
- 試料説明
- 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
- 組織乳房
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- EM-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- NEBNext Enzymatic Methyl-seq Kit
- 断片化
- 超音波断片化（Covaris）
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 300 bp
t-nanoEM (Nanopore methylation)
- 材料と対象者
- 浸潤性乳管がん（ICD10：C509）：1症例
腫瘍組織1検体からマイクロダイセクションされた4領域の組織（腫瘍組織：2検体※、非腫瘍組織：2検体※）
※WGS（JGAS000758）・EM-seqと同じ組織由来 - 健康状態罹患
- 対象者数1 (人数)
- 疾患
- 浸潤性乳管がん
- 試料説明
- 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
- 組織乳房
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- t-nanoEM
- 測定対象
- Custom human methylome panel for long-read （Twist Bioscience、Order ID：MTE-9910638）
- 試薬キット
- NEBNext Enzymatic Methyl-seq Kit
Twist Standard Hyb and Wash Kit v2 - 断片化
- g-TUBE（Covaris）
- プラットフォーム
- Oxford Nanopore Technologies PromethION
- リードタイプ
- シングルエンド
- リード長
- 4400 bp (平均)