研究 ID
hum0197-v9リリース情報
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最新バージョン (v31)研究題目
多層的オミクス解析による疾患病態の解明
研究概要
- 目的
- 多層的オミクス解析による疾患病態の解明、日本人集団におけるGWASおよび複数集団におけるGWASメタ解析
- 研究方法
- メタゲノムシークエンス、ゲノムワイド関連解析、small RNA-seq解析、eQTL解析
- 対象
- 日本人集団（95＋103＋227＋30＋136 名）の腸内細菌叢のメタゲノムシークエンスデータ
肺胞蛋白症患者：198名、対照者：395名のゲノムワイド関連解析データ
バイオバンク・ジャパン（179,000名）、UKバイオバンク（361,000名）、FinnGen（136,000名）の215形質のゲノムワイド関連解析データ
日本人集団141名のsmall RNA-seq解析により定量した個人毎のmiRNAリードカウントデータと、全ゲノムシーケンス解析データと合わせて解析したeQTL解析データ
炎症性腸疾患症例（潰瘍性大腸炎35症例、クローン病39症例）、対照健常者40名のメタゲノムシークエンスデータ
頭蓋内胚細胞腫瘍患者：133名、対照者：762名のゲノムワイド関連解析データ - URL
- N/A
データセット
データセットの一覧はこのバージョンのものですが、各データセットの内容は現在のものを表示しています。
| カート | データセット ID | データの種類 | 解析手法 | アクセス制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|---|---|
| JGAD000290 | メタゲノム |
| 制限公開（Type I） | 2020-09-28 | |
| JGAD000363 | メタゲノム |
| 制限公開（Type I） | 2020-11-27 | |
| JGAD000427 | メタゲノム |
| 制限公開（Type I） | 2021-07-31 | |
| JGAD000532 | メタゲノム |
| 制限公開（Type I） | 2021-12-10 | |
| JGAD000649 | メタゲノム |
| 制限公開（Type I） | 2022-05-20 | |
| JGAD000650 | メタゲノム |
| 制限公開（Type I） | 2022-05-20 | |
| NHA000154 | 肺胞蛋白症のGWAS |
| 非制限公開 | 2020-11-27 | |
| NHA000162 | 215形質のGWAS |
| 非制限公開 | 2021-03-22 | |
| NHA000164 | 10形質のGWAS |
| 非制限公開 | 2021-12-21 | |
| NHA000163 | 79形質のFine-mapping |
| 非制限公開 | 2021-12-21 | |
| JGAD000621 | miRNAリードカウント |
| 制限公開（Type I） | 2022-02-21 | |
| NHA000166 | eQTL解析データ |
| 非制限公開 | 2022-02-08 | |
| NHA000171 | 頭蓋内胚細胞腫瘍のGWAS |
| 非制限公開 | 2022-06-10 |
提供者
- 研究代表者
- 岡田 随象
- 所属機関
- 大阪大学大学院 医学系研究科 遺伝統計学
研究プロジェクト情報
研究プロジェクト情報はありません。
助成金情報
| 科研費・助成金名 | 研究課題名 | 研究課題番号 |
|---|---|---|
日本医療研究開発機構（AMED） 革新的先端研究開発支援事業 ソロタイプ（PRIME） | 遺伝統計学が紐解く微生物叢・宿主・疾患・創薬のクロストーク |
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日本医療研究開発機構（AMED） 革新的先端研究開発支援事業 ステップタイプ（FORCE） | メタゲノムワイド関連解析による疾患特異的微生物叢解明と個別化医療実装 |
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日本医療研究開発機構（AMED） 難治性疾患実用化研究事業 | 横断的オミクス解析を駆使した肺胞蛋白症の病態解明とインシリコ・リポジショニング創薬 |
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日本医療研究開発機構（AMED） 免疫アレルギー疾患実用化研究事業 | 疾患ゲノム情報を活用した自己免疫疾患における核酸ゲノム創薬の推進 |
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日本医療研究開発機構（AMED） 免疫アレルギー疾患実用化研究事業 | 免疫オミクス情報の横断的統合による関節リウマチのゲノム個別化医療の実現 |
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日本医療研究開発機構（AMED） ゲノム医療実現推進プラットフォーム事業 | 遺伝統計学に基づく日本人集団のゲノム個別化医療の実装 |
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日本医療研究開発機構（AMED） ゲノム医療実現推進プラットフォーム事業 | 次世代ゲノミクス研究による乾癬の疾患病態解明・個別化医療・創薬 |
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科学研究費助成事業 基盤研究（A） | 横断的オミクス解析と全ゲノムシークエンスを駆使した疾患病態と組織特異性の解明 |
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関連論文
| タイトル | DOI | データセット ID |
|---|---|---|
Metagenome-wide association study of gut microbiome revealed novel aetiology of rheumatoid arthritis in the Japanese population. | ||
Genetic determinants of risk in autoimmune pulmonary alveolar proteinosis. | ||
A metagenome-wide association study of gut microbiome in patients with multiple sclerosis revealed novel disease pathology. | ||
A global atlas of genetic associations of 220 deep phenotypes | ||
Metagenome-wide association study revealed disease-specific landscape of the gut microbiome of systemic lupus erythematosus in Japanese | ||
Whole gut virome analysis of 476 Japanese revealed a link between phage and autoimmune disease | ||
Insights from complex trait fine-mapping across diverse populations | ||
Genetic architecture of microRNA expression and its link to complex diseases in the Japanese population. |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | データ利用期間 | データセット ID |
|---|---|---|---|---|---|
| Brito Ilana | Meinig School of Biomedical Engineering, Cornell University | アメリカ合衆国 (ニューヨーク州) | Comparative metagenomics of lupus patients' microbiomes | 2022-05-12 – 2025-01-08 | |
| Yongxin LI | The department of Chemistry, The University of Hong Kong | 中国 | Comparison of gut bacterial diversity and composition in MS/EAE | 2022-09-26 – 2025-06-09 | |
| 浜田 道昭 | 浜田研究室, 理工学術院, 早稲田大学 | 日本 | RNA標的創薬データベースの構築 | 2023-01-05 – 2027-10-31 | |
| Tina Fuchs | Institute for Clinical Chemistry, Medical Faculty Mannheim, Heidelberg University | ドイツ | Investigating the clonality of VIREM cells in COVID-19 patients | 2024-02-26 – 2025-04-14 | |
| 松田 浩一 | クリニカルシークエンス分野, 東京大学 | 日本 | 疾患コホート研究ネットワークによる疾患マーカー探索研究 | 2024-06-17 – 2029-03-31 | |
| 桐田 雄平 | 腎臓内科, 京都府立医科大学 | 日本 | IgA腎症と免疫関連疾患の末梢血遺伝子発現比較解析による病態解明 | 2025-07-29 – 2030-03-31 |