hum0068 のリリース情報
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hum0068-v9
2024-04-10- このリリースで追加されたデータセット
- リリースノート
- ・肺腺がん20症例の腫瘍組織に対して実施したIlluminaによる空間トランスクリプトームVisiumシークエンスデータをfastq、png、json、csvファイルにて提供する。
・肺腺がん6症例の腫瘍組織に対して実施したPhenoCyclerシステムによる多重蛍光免疫染色データをqptiff、xlsxファイルにて提供する。
・肺腺がん10症例の腫瘍組織に対して実施した10xによるXenium高性能in situ遺伝子発現マッピングデータをcsv、h5、html、json、mtx、tiff、parquet、tsv、xenium、zarrファイルにて提供する。
hum0068-v8
2023-09-22- このリリースで追加されたデータセット
追加されたデータセットはありません。
- リリースノート
- 肺腺がん1症例の腫瘍組織に対して実施した10xによるXenium高性能in situ遺伝子発現マッピングデータをcsv、h5、html、json、mtx、tiff、parquet、tsv、xenium、zarrファイルにて提供する。
hum0068-v7
2023-06-19- このリリースで追加されたデータセット
追加されたデータセットはありません。
- リリースノート
- 肺腺がん1症例の腫瘍組織に対して実施した10xによるXenium高性能in situ遺伝子発現マッピングデータをcsv、h5、html、json、mtx、tiff、parquet、tsv、xenium、zarrファイルにて提供する。
hum0068-v6
2023-02-10- このリリースで追加されたデータセット
- リリースノート
- 肺腺がん74症例の腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA/RNAを対象としたWGS解析、RNA-seq解析、ならびにTarget Capture解析の結果をfastqファイルにて提供する。TruSeq Nano DNA Library Prep kit、TruSeq DNA PCR-Free Library Prep Kit、SQK-LSK109、SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit、Nextera XT DNA Library Preparation Kit、TruSeq Stranded mRNA Library Prep、TruSeq Stranded Total RNA Library Prep Gold、SMART-Seq Stranded KitおよびSureSelect NCC oncopanelにてライブラリを作製し、NovaSeq、HiSeqおよびナノポアシークエンサーPromethIONを用いてシークエンスを行った。
肺腺がん3症例の腫瘍組織に対して実施したIlluminaによる空間トランスクリプトームVisiumシークエンスデータをfastq、png、json、csvファイルにて提供する。
肺腺がん3症例の腫瘍組織に対して実施したPhenoCyclerシステムによる多重蛍光免疫染色データをqptiffファイルにて提供する。
hum0068-v5
2022-12-27- このリリースで追加されたデータセット
- リリースノート
- The alignment results [CRAM], variant call results per sample [gVCF], and variant call results per dataset [aggregated VCF] processed JGAD000252 in a certain workflow were provided. If you plan to use the data, please indicate both original data (JGAD000252) and processed data (JGAD000670) on the application form for data use.
hum0068-v4
2022-03-23- このリリースで追加されたデータセット
追加されたデータセットはありません。
- リリースノート
- 肺腺がん2症例の腫瘍組織から単離した細胞から抽出したDNAを対象としたsingle cellのWGS解析結果をfastqファイルにて提供する。Chromium Single Cell DNA Reagent Kits にてライブラリを作製し、NovaSeqを用いてシークエンスを行った。
肺腺がん5症例の腫瘍組織から抽出したRNAを対象としたRNA-seq解析の結果をfastqファイルにて提供する。SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kitにてライブラリを作製し、NovaSeqを用いてシークエンスを行った。
hum0068-v3
2021-12-14- このリリースで追加されたデータセット
- リリースノート
- 肺腺がん11症例の腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したRNA/DNAを対象としたRNA-seq解析ならびにWGS解析の結果をfastqファイルにて提供する。SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA KitおよびSQK-LSK109にてライブラリを作製し、NovaSeqおよびナノポアシークエンサーPromethIONを用いてシークエンスを行った。
hum0068-v2
2020-10-19- このリリースで追加されたデータセット
追加されたデータセットはありません。
- リリースノート
- 肺腺がん21症例の腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNAを対象としたWGS解析の結果をfastqファイルにて提供する。TruSeq Nano DNA Library Prep kitおよびSQK-LSK109にてライブラリを作製し、NovaSeqおよびナノポアシークエンサーPromethIONを用いてシークエンスを行った。
hum0068-v1
2017-07-10- このリリースで追加されたデータセット
- リリースノート
- 肺腺がん8症例の腫瘍組織から抽出したRNAを対象とし、逆転写反応の後にPCRによって目的領域を増幅した。Nanopore Sequencing Kitにてライブラリを作製し、MinION（Oxford Nanopore Technologies社）を用いたシークエンスの結果をFastqファイルにて提供する。