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NBDC ヒトデータベース

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システムメンテナンスに伴い、以下の日程で、NBDCヒトデータベース申請システムならびにヒトデータ審査委員会による審査が停止いたします。
停止期間：2026年10月5日(月) 9:00 ～ 10月7日(水) 15:00
ご迷惑をおかけしますが、どうぞ宜しくお願いいたします。

現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです

2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします

研究 ID

hum0068-v8リリース情報

このページは過去のバージョン (v8) です。最新のバージョンは v9 です。
最新バージョン (v9)

研究題目

ゲノム解析に基づく肺がんの発生・進展の分子機構の解明

研究概要

目的
ナノポアシークエンサーMinIONを用いた肺腺がんの変異検出手法の確立
研究方法
【PCR amplicon Seq】ナノポアシークエンサーMinIONによるアンプリコンシークエンス
【WGS】NovaSeqおよびナノポアシークエンサーPromethIONによるwhole-genomeシークエンスデータを用いた新規構造異常の同定と評価
【RNA-seq】NovaSeq、HiSeqおよびナノポアシークエンサーPromethIONによるRNAシークエンス
【scDNA-seq】NovaSeqによるsingle cellのwhole-genomeシークエンス
【Target Capture】NovaSeqによるTarget Captureシークエンス
【Visium Spatial Gene Expression】Illuminaによる空間トランスクリプトームVisiumシークエンス
【Multiplex Fluorescence Immunostaining】PhenoCyclerシステムによる多重蛍光免疫染色
【Xenium In Situ Gene Expression】10xによる高性能in situ遺伝子発現マッピング
対象
肺腺がん8症例＋21症例＋74症例＋20症例
URL

データセット

データセットの一覧はこのバージョンのものですが、各データセットの内容は現在のものを表示しています。

カートデータセット IDデータの種類解析手法アクセス制限公開日
JGAD000065NGS（PCR amplicon Seq）
  • RNA Amplicon-seq
制限公開（Type I）2020-09-28
JGAD000670JGAD000252の加工データ
  • WGS
制限公開（Type I）2023-01-19
JGAD000252NGS（WGS：NovaSeq 6000）
NGS（WGS：PromethION）
  • WGS
制限公開（Type I）2020-10-14
JGAD000696NGS（WGS：NovaSeq 6000）
NGS（WGS：PromethION）
NGS（RNA-seq：NovaSeq 6000、HiSeq 2000）
NGS（Target Capture）
NGS（Visium Spatial Gene Expression）、病理画像
Multiplex Fluorescence Immunostaining
  • WGS
  • RNA-seq
  • Targeted DNA sequencing
制限公開（Type I）2023-02-10
JGAD000253NGS（WGS：NovaSeq 6000）
NGS（WGS：PromethION）
  • WGS
制限公開（Type I）2020-10-14
JGAD000463NGS（RNA-seq：PromethION）
NGS（RNA-seq：NovaSeq 6000）
NGS（WGS：PromethION）
  • WGS
  • RNA-seq
  • scDNA-seq
制限公開（Type I）2021-12-01

提供者

研究代表者
河野 隆志
所属機関
国立がん研究センター ゲノム生物学研究分野

研究プロジェクト情報

研究プロジェクト情報はありません。

助成金情報

科研費・助成金名研究課題名研究課題番号
科学研究費助成事業 新学術領域研究
先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム
  • 16H06279
科学研究費助成事業 新学術領域研究
がんシステムの新次元俯瞰と攻略; ナノポアシークエンサーによるがん細胞の変異検出およびフェーズ情報解析手法の確立
  • 16H01582
日本医療研究開発機構（AMED） 次世代がん医療創生研究事業（P-CREATE）
ナノポア型長鎖シークエンサーを駆使したがんゲノム異常における新規概念の創出および患者層別化手法の開発
  • JP19cm0106539
日本医療研究開発機構（AMED） 次世代がん医療創生研究事業（P-CREATE）
ロングリード技術を駆使した非小細胞肺癌におけるがんゲノム多様性・進化に関する研究
  • JP21cm0106582
日本医療研究開発機構（AMED） 次世代がん医療加速化研究事業（P-PROMOTE）
ロングリード技術による肺がんゲノム・エピゲノム不均一性と微小環境ストレスの関係性解明に関する研究開発
  • JP23ama221522

関連論文

タイトルDOIデータセット ID
Sequencing and phasing cancer mutations in lung cancers using a long-read portable sequencer.
https://doi.org/10.1093/dnares/dsx027 (新しいタブで開きます)
Long-read sequencing for non-small-cell lung cancer genomes
https://doi.org/10.1101/gr.261941.120 (新しいタブで開きます)
Phasing analysis of lung cancer genomes using a long read sequencer
https://doi.org/10.1038/s41467-022-31133-6 (新しいタブで開きます)
Whole-genome sequencing reveals the molecular implications of the stepwise progression of lung adenocarcinoma
https://doi.org/10.1038/s41467-023-43732-y (新しいタブで開きます)

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関国・州名研究題目データ利用期間データセット ID
Youping DengDepartment of Complementary & Integrative Medicine, University of Hawaii Manoaアメリカ合衆国 (ハワイ州)Identification of driver genes and somatic mutations for lung cancer diagnosis and prognosis2018-10-04 – 2029-07-10
有田 正規生命情報・DDBJ センター, 国立遺伝学研究所日本DDBJ センターと NBDC による JGA 解析データの提供2021-10-07 – 2030-03-31
中岡 博史腫瘍ゲノム研究部, 公益財団法人佐々木研究所日本肺がん遺伝子解析研究2022-08-17 – 2026-07-23
Gang FangGenetics and Genomic Sciences, Icahn School of Medicine at Mount Sinaiアメリカ合衆国NBDC data application2025-01-06 – 2029-04-01
吉田 健一がん進展研究分野, 国立がん研究センター日本固形腫瘍のゲノム解析に関する多施設共同研究2024-08-01 – 2028-03-31
安田 浩之医学部内科学（呼吸器）, 慶應義塾大学日本肺癌の遺伝子発現解析の生物学的特性ならびに診断・治療におけるバイオマーカーの研究2025-05-20 – 2028-03-31
柴田 龍弘がんゲノミクス研究分野, 国立がん研究センター研究所日本ゲノム異常解析に基づく、肝がん、膵がん、肺がん、胃がん、大腸がん、胆道がん、乳がん、食道がん、卵巣がん、子宮がん、膀胱がん、腎臓がん、頭頚部がん、骨軟部肉腫、悪性黒色腫の発生・進展の分子機構の解明2025-01-27 – 2026-03-31
唐崎 隆弘呼吸器外科, 東京大学医学部附属病院日本高感度な循環腫瘍シグナル検出法の開発2026-02-12 – 2030-11-30