データセット ID

JGAD000696

Name: JGAD000696: NGS（WGS：NovaSeq 6000）、NGS（WGS：PromethION）、NGS（RNA-seq：NovaSeq 6000、HiSeq 2000）、NGS（Target Capture）、NGS（Visium Spatial Gene Expression）、病理画像、Multiplex Fluorescence Immunostaining
Published: 2023-02-10

データの種類: NGS（WGS：NovaSeq 6000）
NGS（WGS：PromethION）
NGS（RNA-seq：NovaSeq 6000、HiSeq 2000）
NGS（Target Capture）
NGS（Visium Spatial Gene Expression）、病理画像
Multiplex Fluorescence Immunostaining
アクセス制限: 制限公開（Type I）
総データ量: 24.0 TB
ファイル形式: FASTQ
TSV
CSV
XLSX
JSON
MTX
PNG
QPTIFF
TAR
研究: hum0068
公開日: 2023-02-10
更新日: 2026-09-26
DDBJ Search: JGAD000696 (新しいタブで開きます)
JGA Study: JGAS000570 (新しいタブで開きます)

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cycle_probe_info_JGAD000696.pdf	Cycle/蛍光タンパク質対応表（JGAD000696）	191 KB
gene_list_302.pdf	302遺伝子	153 KB

解析手法

WGS

材料と対象者: 肺腺がん（ICD10：C349）：21＋56症例（42＋112検体）
腫瘍組織：21＋56検体
非腫瘍組織：21＋56検体; 健康状態
罹患
対象者数
77 (人数)
疾患: 肺腺がん (C349)
試料説明: 肺腺がんの腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA; 腫瘍 / 非腫瘍
混在
試料の入手元: N/A
実験方法: WGS
測定対象: N/A
試薬キット: TruSeq DNA PCR-Free Library Prep Kit
TruSeq Nano DNA Library Prep Kit
断片化: 超音波断片化（Covaris）
プラットフォーム: Illumina NovaSeq 6000
リードタイプ: ペアエンド
リード長: N/A
加工データのデータセットID: JGAD000670
加工方法: Whole Genome Sequencing解析（germline）
利用ポリシー: NBDC データ共有ポリシー (JGAP000001)

WGS

材料と対象者: 肺腺がん（ICD10：C349）：21＋42症例（41＋8＋81検体）
腫瘍組織：21＋4＋42検体
非腫瘍組織：20 ＋4＋39検体; 健康状態
罹患
対象者数
63 (人数)
疾患: 肺腺がん (C349)
試料説明: 肺腺がんの腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA; 腫瘍 / 非腫瘍
混在
試料の入手元: N/A
実験方法: WGS
測定対象: N/A
試薬キット: Ligation Sequencing Kit (SQK-LSK109)
断片化: N/A
プラットフォーム: Oxford Nanopore Technologies PromethION
リードタイプ: シングルエンド
リード長: N/A
利用ポリシー: NBDC データ共有ポリシー (JGAP000001)

RNA-seq

材料と対象者: 肺腺がん（ICD10：C349）：6＋5＋26症例（12＋5＋26検体）
腫瘍組織：6＋5＋26検体
非腫瘍組織：6検体; 健康状態
罹患
対象者数
37 (人数)
疾患: 肺腺がん (C349)
試料説明: 肺腺がんの腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したRNA; 腫瘍 / 非腫瘍
混在
試料の入手元: N/A
実験方法: RNA-seq
測定対象: N/A
試薬キット: Nextera XT DNA Library Prep Kit
SMART-Seq Stranded Kit
SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit
TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit
TruSeq Stranded Total RNA Library Prep Kit with Ribo-Zero Gold
断片化: Tagmentation（Nextera XT DNA Library Preparation Kit）
プラットフォーム: Illumina HiSeq 2000
Illumina NovaSeq 6000
リードタイプ: ペアエンド
リード長: 300 bp
利用ポリシー: NBDC データ共有ポリシー (JGAP000001)

Targeted DNA sequencing

材料と対象者: 肺腺がん（ICD10：C349）：36症例
腫瘍組織：36検体; 健康状態
罹患
対象者数
36 (人数)
疾患: 肺腺がん (C349)
試料説明: 肺腺がんの腫瘍組織から抽出したDNA; 腫瘍 / 非腫瘍
腫瘍
試料の入手元: N/A
実験方法: Targeted DNA sequencing
測定対象: NCC Oncopanel v2
https://www.ncc.go.jp/jp/information/pr_release/2019/0529/index.html
試薬キット: NCC Oncopanel
断片化: N/A
プラットフォーム: Illumina NovaSeq 6000
リードタイプ: ペアエンド
リード長: 300 bp
利用ポリシー: NBDC データ共有ポリシー (JGAP000001)

Multiplex Fluorescence Immunostaining

材料と対象者: 肺腺がん（ICD10：C349）：3＋6症例
腫瘍組織：3＋6検体; 健康状態
罹患
対象者数
9 (人数)
疾患: 肺腺がん (C349)
試料説明: 肺腺がんの腫瘍組織; 腫瘍 / 非腫瘍
腫瘍
試料の入手元: N/A
実験方法: Multiplex fluorescence immunostaining
測定対象: Cycle/蛍光タンパク質対応表
試料の処理: 細胞処理: Staining Kit for PhenoCycler
プラットフォーム: Akoya Biosciences PhenoCycler
利用ポリシー: NBDC データ共有ポリシー (JGAP000001)

Xenium 空間トランスクリプトーム

材料と対象者: 肺腺がん（ICD10：C349）：1＋1＋10症例
腫瘍組織：1＋1＋10検体; 健康状態
罹患
対象者数
12 (人数)
疾患: 肺腺がん (C349)
試料説明: 肺腺がんの腫瘍組織; 腫瘍 / 非腫瘍
腫瘍
試料の入手元: N/A
実験方法: Spatial transcriptomics
測定対象: 302遺伝子（Human Lung panel：202遺伝子、カスタム：100遺伝子）
試薬キット: Xenium Decoding Consumables
Xenium Decoding Reagents
Xenium Slides & Sample Prep Reagents
プラットフォーム: 10x Genomics Xenium Analyzer
解析方法: xenium-1.1.0.2
xenium-1.5.1.2
利用ポリシー: NBDC データ共有ポリシー (JGAP000001)

Visium 空間トランスクリプトーム + 病理画像

材料と対象者: 肺腺がん（ICD10：C349）：3＋19症例
腫瘍組織：3＋25検体; 健康状態
罹患
対象者数
22 (人数)
疾患: 肺腺がん (C349)
試料説明: 肺腺がんの腫瘍組織から抽出したRNA; 腫瘍 / 非腫瘍
腫瘍
試料の入手元: N/A
実験方法: Histological image
Spatial transcriptomics
測定対象: N/A
試薬キット: Visium Spatial Gene Expression
断片化: N/A
プラットフォーム: Illumina NovaSeq 6000
リードタイプ: ペアエンド
リード長: 118 bp
利用ポリシー: NBDC データ共有ポリシー (JGAP000001)