データセット ID
JGAD000463
- データの種類
- NGS（RNA-seq：PromethION）
NGS（RNA-seq：NovaSeq 6000）
NGS（WGS：PromethION） - アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 2.3 TB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0068
- 公開日
- 2021-12-01
- 更新日
- 2022-03-17
- DDBJ Search
- JGAD000463 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000349 (新しいタブで開きます)
解析手法
WGS
- 材料と対象者
- 肺腺がん（ICD10：C349）：21＋42症例（41＋8＋81検体）
腫瘍組織：21＋4＋42検体
非腫瘍組織：20 ＋4＋39検体 - 健康状態罹患
- 対象者数63 (人数)
- 疾患
- 肺腺がん (C349)
- 試料説明
- 肺腺がんの腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WGS
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Ligation Sequencing Kit (SQK-LSK109)
- 断片化
- N/A
- プラットフォーム
- Oxford Nanopore Technologies PromethION
- リードタイプ
- シングルエンド
- リード長
- N/A
RNA-seq
- 材料と対象者
- 肺腺がん（ICD10：C349）：6症例（12検体）
腫瘍組織：6検体
非腫瘍組織：6検体 - 健康状態罹患
- 対象者数6 (人数)
- 疾患
- 肺腺がん (C349)
- 試料説明
- 肺腺がんの腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したRNA
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Ligation Sequencing Kit (SQK-LSK109)
SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit - 断片化
- N/A
- プラットフォーム
- Oxford Nanopore Technologies PromethION
- リードタイプ
- シングルエンド
- リード長
- 850 bp (平均)
RNA-seq
- 材料と対象者
- 肺腺がん（ICD10：C349）：6＋5＋26症例 （12＋5＋26検体）
腫瘍組織：6＋5＋26検体
非腫瘍組織：6検体 - 健康状態罹患
- 対象者数37 (人数)
- 疾患
- 肺腺がん (C349)
- 試料説明
- 肺腺がんの腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したRNA
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Nextera XT DNA Library Prep Kit
SMART-Seq Stranded Kit
SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit
TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit
TruSeq Stranded Total RNA Library Prep Kit with Ribo-Zero Gold - 断片化
- Tagmentation（Nextera XT DNA Library Preparation Kit）
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2000
Illumina NovaSeq 6000 - リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 300 bp
scDNA-seq
- 材料と対象者
- 肺腺がん（ICD10：C349）：2症例
腫瘍組織：2検体 - 健康状態罹患
- 対象者数2 (人数)
- 疾患
- 肺腺がん (C349)
- 試料説明
- 肺腺がんの腫瘍組織より単離した細胞から抽出したDNA
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- scDNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Chromium Single Cell DNA Reagent Kit
- 断片化
- N/A
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 300 bp