データセット ID
JGAD000807
- データの種類
- NGS（Visium Spatial Gene Expression）、病理画像
Multiplex Fluorescence Immunostaining
Xenium In Situ Gene Expression - アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 1.1 TB
- ファイル形式
- FASTQ
- TSV
- CSV
- XLSX
- JSON
- MTX
- CLOUPE
- HTML
- PNG
- QPTIFF
- TAR
- 研究
- hum0068
- 公開日
- 2024-04-05
- 更新日
- 2024-04-05
- DDBJ Search
- JGAD000807 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000677 (新しいタブで開きます)
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| cycle_ | Cycle/蛍光タンパク質対応表（JGAD000807） | 192 KB | |
| gene_ | 302遺伝子 | 153 KB |
解析手法
Multiplex Fluorescence Immunostaining
- 材料と対象者
- 肺腺がん（ICD10：C349）：3＋6症例
腫瘍組織：3＋6検体 - 健康状態罹患
- 対象者数9 (人数)
- 疾患
- 肺腺がん (C349)
- 試料説明
- 肺腺がんの腫瘍組織
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Multiplex fluorescence immunostaining
- 測定対象
- Cycle/蛍光タンパク質対応表
- 試料の処理
- 細胞処理: Staining Kit for PhenoCycler
- プラットフォーム
- Akoya Biosciences PhenoCycler
Xenium 空間トランスクリプトーム
- 材料と対象者
- 肺腺がん（ICD10：C349）：1＋1＋10症例
腫瘍組織：1＋1＋10検体 - 健康状態罹患
- 対象者数12 (人数)
- 疾患
- 肺腺がん (C349)
- 試料説明
- 肺腺がんの腫瘍組織
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Spatial transcriptomics
- 測定対象
- 302遺伝子（Human Lung panel：202遺伝子、カスタム：100遺伝子）
- 試薬キット
- Xenium Decoding Consumables
Xenium Decoding Reagents
Xenium Slides & Sample Prep Reagents - プラットフォーム
- 10x Genomics Xenium Analyzer
- 解析方法
- xenium-1.1.0.2
xenium-1.5.1.2
Visium 空間トランスクリプトーム + 病理画像
- 材料と対象者
- 肺腺がん（ICD10：C349）：3＋19症例
腫瘍組織：3＋25検体 - 健康状態罹患
- 対象者数22 (人数)
- 疾患
- 肺腺がん (C349)
- 試料説明
- 肺腺がんの腫瘍組織から抽出したRNA
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Histological image
Spatial transcriptomics - 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Visium Spatial Gene Expression
- 断片化
- N/A
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 118 bp