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NBDC ヒトデータベース

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研究 ID

hum0086-v2リリース情報

このページは過去のバージョン (v2) です。最新のバージョンは v3 です。
最新バージョン (v3)

研究題目

生殖発生にかかわる細胞のエピゲノム解析基盤研究

研究概要

目的
国際ヒトエピゲノムコンソーシアム（The International Human Epigenome Consortium: IHEC）に参画し、日本人検体から得られた胎盤組織の高品質な標準エピゲノムプロファイルを取得し、データを広く公開し研究基盤形成に貢献する。
研究方法
PBAT-seq、ChIP-seq、RNA-seq、small RNA-seq
対象
胎盤（細胞性栄養膜細胞 [正常/CT、胎児発育不全/FGR-CT、妊娠高血圧症候群/PE-CT、18トリソミー/Tri-18-CT]、合胞体栄養膜細胞 [ST]、絨毛外栄養膜細胞 [EVT]、FemaleのCTから作製したヒト胎盤幹細胞 [TS]およびTSをST/EVTへ分化させた細胞、MaleのCTから作製したヒト胎盤幹細胞 [TS]およびTSをST/EVTへ分化させた細胞、絨毛間質細胞）、子宮内膜（間質細胞、腺上皮細胞）、全胞状奇胎
URL
N/A

データセット

データセットの一覧はこのバージョンのものですが、各データセットの内容は現在のものを表示しています。

カートデータセット IDデータの種類解析手法アクセス制限公開日
JGAD000073NGS（PBAT-seq）
NGS（ChIP-seq）
NGS（RNA-seq）
NGS（small RNA-seq）
  • PBAT-seq
  • ChIP-seq
  • RNA-seq
  • small RNA-seq
制限公開（Type I）2020-09-28
JGAD000115NGS（PBAT-seq）
NGS（ChIP-seq）
NGS（RNA-seq）
NGS（small RNA-seq）
  • PBAT-seq
  • ChIP-seq
  • RNA-seq
  • small RNA-seq
制限公開（Type I）2020-09-28

提供者

研究代表者
佐々木 裕之
所属機関
九州大学 生体防御医学研究所

研究プロジェクト情報

研究プロジェクト名URL
革新的先端研究開発支援事業（AMED-CREST） 国際ヒトエピゲノムコンソーシアム（IHEC）佐々木チーム

助成金情報

科研費・助成金名研究課題名研究課題番号
日本医療研究開発機構 革新的先端研究開発支援事業（AMED-CREST）
「エピゲノム研究に基づく診断・治療へ向けた新技術の創出」領域
N/A

関連論文

タイトルDOIデータセット ID
The International Human Epigenome Consortium: A blueprint for scientific collaboration and discovery.
https://doi.org/10.1016/j.cell.2016.11.007 (新しいタブで開きます)
Allele-specific methylome and transcriptome analysis reveals widespread imprinting in the human placenta
https://doi.org/10.1016/j.ajhg.2016.08.021 (新しいタブで開きます)
Derivation of Human Trophoblast Stem Cells
https://doi.org/10.1016/j.stem.2017.11.004 (新しいタブで開きます)
The microRNA cluster C19MC confers differentiation potential into trophoblast lineages upon human pluripotent stem cells
https://doi.org/10.1038/s41467-022-30775-w (新しいタブで開きます)

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関国・州名研究題目データ利用期間データセット ID
Nehemiah AlvarezDe Novo Genomics Corporationアメリカ合衆国 (カンザス州)Evolutionary conservation of gene expression and epigenetic analysis of trophoblast stem cells2018-02-02 – 2021-03-19
Michael RobertsAnimal Sciences/ Biochemistry, University of Missouriアメリカ合衆国 (ミズーリ州)A comparative analysis of transcriptome data from placental cell line derived from anonymous placental cells2018-03-02 – 2023-08-28
Guillaume BourqueMcGill University & Genome Quebec Innovation Center, McGill Universityカナダ (ケベック州)Epigenome Meta-Analysis Project (epiMAP)2018-06-07 – 2021-03-19
Martin HirstBC Cancer, part of the Provincial Health Services Authorityカナダ (ブリティッシュコロンビア州)Epigenomic analysis of human samples2018-08-06 – 2022-09-05
Zhaobo LinSchool of Life Science and Technology, ShanghaiTech University中国Comparison between reprogrammed and primary trophoblast stem cells2018-11-12 – 2023-07-05
Zhigang XueSchool of Medicine and Life Science, Tongji University中国Mechanism of cell programming and embryo-gamete original disease in human embryo development.2018-12-17 – 2021-03-19
Todd MacfarlanNational Institute of Child Health and Human Developmentアメリカ合衆国 (メリーランド州)Analysis of the public methylome, chromatin and transcription profiles for induced human trophoblast stem cells2018-12-17 – 2019-09-04
William YeungDepartment of O&G, The University of Hong Kong中国Derivation of human expanded potential stem cells (EPSCs) from human pre-implantation embryos2019-02-12 – 2020-09-02
Amir EdenDepartment of Cell & Developmental Biology , Institute of Life Sciences, The HebrewUniversity of JerusalemイスラエルConsequences of DNA hypomethylation- alternative promoters2019-05-07 – 2023-07-13
AUSTIN SMITHWellcome-MRC Cambridge Stem Cell Institute, University of CambridgeイギリスComparison of trophoblast stem cell cultures2019-08-19 – 2023-07-25
Thorold TheunissenWashington University School of Medicine in St. Louisアメリカ合衆国 (ミズーリ州)Assessment of trophoblast fates derived from human pluripotent stem cells2019-12-10 – 2023-07-05
Hu LiDepartment of Histoembryology, Genetics and Developmental Biology, Shanghai JiaoTong University School of Medicine中国Derivation of Human induced Trophoblast Stem Cells from Embryonic Stem Cells2020-01-15 – 2024-01-30
大串 雅俊発生システム制御分野, 京都大学ウイルス・再生位科学研究所日本ヒト多能性幹細胞の分化ポテンシャルに関する研究2020-03-19 – 2023-09-21
Anton WellsteinDepartment of Oncology, Georgetown University School of Medicineアメリカ合衆国Biomarkers to evaluate immune related adverse events (irAEs) due to treatment with immune checkpoint inhibitors (ICIs)2022-03-03 – 2020-09-01
Kichoon Leeアメリカ合衆国Access to the National Bioscience Database Center2021-05-31 – 2024-12-31
Jonghwan KimDepartment of Molecular Biosciences, University of Texas at Austinアメリカ合衆国 (テキサス州)Establishment of human trophoblast stem-like cells derived from human induced pluripotent stem cells for studying human placental development2021-05-31 – 2023-07-05
秦 健一郎周産期病態研究部, 国立成育医療研究センター日本胎児発育異常の遺伝子・ゲノム解析2021-06-17 – 2022-03-31
Danny LeungDivision of Life Science, The Hong Kong University of Science and Technology香港Defining the transcriptional regulatory roles of retrotransposons in human placenta cells.2021-08-11 – 2027-05-28
秦 健一郎周産期病態研究部, 国立成育医療研究センター日本胎児発育異常の遺伝子・ゲノム解析2022-01-11 – 2022-03-31
Gianluca UrsiniLieber Institute for Brain Development, Johns Hopkins University School of Medicineアメリカ合衆国 (メリーランド州)Analysis of the transcriptional profile of Human Trophoblast Stem Cells2022-04-26 – 2026-12-31
Ming-an SunCollege of Veterinary Medicine, Yangzhou University中国The activation and function of endogenous retroviruses in mammalian placentae2022-06-23 – 2025-01-10
浜田 道昭浜田研究室, 理工学術院, 早稲田大学日本RNA標的創薬データベースの構築2023-01-05 – 2027-10-31
Wilfried HaertyResearch Faculty, Earlham InstituteイギリスUnderstanding epigenetic drift in a transient reproductive tissue - defining the effects on gestation ageing and cell identity within the placenta2023-04-12 – 2025-02-06
Paul RobsonGenomic Medicine, The Jackson Laboratoryアメリカ合衆国 (コネチカット州)Modeling extra-embryonic mesoderm lineage development with human induced pluripotent stem cells 2024-02-08 – 2026-12-26
依馬 正次幹細胞・ヒト疾患モデル研究分野, 滋賀医科大学　動物生命科学研究センター日本ヒト胎盤からの栄養膜幹細胞の単離と性状解析2024-08-19 – 2029-08-31